融合GPU的分子动力学模拟近邻列表构建并行优化_科学计算_2026年课程设计.docxVIP

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目录

摘要

第一章绪论

1.1课题背景

1.2课题目的与意义

1.3研究方法与论文结构

第二章相关理论与算法综述

2.1算法理论基础概述

2.2备选算法分析与选型

第三章问题建模与需求分析

3.1问题描述与求解场景

3.2功能需求分析

3.3非功能需求与可行性分析

第四章算法总体设计与数据结构设计

4.1算法总体框架设计

4.2数据结构设计

4.3模块划分与接口设计

第五章核心算法详细设计

5.1核心算法流程设计

5.2关键子算法与优化策略设计

5.3算法正确性与复杂度分析

第六章算法实现

6.1开发环境与工程结构

6.2核心功能模块实现

6.3正确性验证与调试

6.4实现中的重点难点与解决方案

第七章实验与结果分析

7.1实验方法与实验环境

7.2实验方案设计

7.3实验结果与分析

第八章总结与展望

8.1工作总结

8.2存在的问题与改进方向

8.3未来展望

8.4结语

摘要

分子动力学（MolecularDynamics,MD）模拟是研究凝聚态物理、生物大分子与材料微观机理的核心计算手段，其单步计算中近邻列表构建的耗时占比通常达到60%—80%。当模拟体系包含数十万乃至百万原子时，基于CPU串行或简单多线程的近邻搜索成为制约模拟规模与时间尺度的主要瓶颈。本文针对Lennard-Jones（