蛋白质晶体学课程课件.ppt

蛋白质晶体学 一、几何晶体学 1.点阵结构及晶胞 (1)点阵结构定义： 任何能为平移复原的结构称点阵结构。能使一点阵结构复原的全部平移形成一个平移群 ua+vb+wc，称为该结构的平移群。u，v，w 为整数，a，b，c 为三个非共面的向量。 点阵结构与其相应的平移群必存在下列关系： (1)从点阵结构中某一点指向点阵结构中的每一点的向量都在平移群中。 (2)以点阵结构中任一点为起点时，平移群中每一个向量都指向结构中一个点。 晶体的点阵结构 晶胞和晶格 从一个空间点阵结构中一定可以划出一个平行六面体，这一平行六面体称为晶胞。晶胞由晶体空间点阵中3个不共面的单位矢量a，b，c所规定，其大小形状用晶胞参数a，b，c，α,β,γ表示。空间点阵按照确定的平行六面体单位划分后，称为晶格。 晶面指标 晶面指标 晶面指标 由平面（100），（010），（001）围成的单个晶胞。用[100],[010]和[001]表示a、b、c三个方向。 2.最基本的对称元素 点阵结构是很有规律的结构，除了上述的平移群能使它复原外，还存在另外一些能使其复原的对称元素，如对称中心（倒反），镜面，旋转轴，旋转反轴，空间点阵结构中只能容纳有限的几种旋转轴，即二重轴、三重轴、四重轴及六重轴，所以其最基本的对称元素只有七种。 旋转操作n―――旋转轴Ln 以一个假想直线为轴，绕此直线旋转一定的角度可使图形相同部分重合。直线称为对称轴，以L表示，分为n重旋转轴，其中n＝360/α, α为旋转角度。受点阵结构的限制，晶体中只存在1，2，3，4，6几种旋转轴，用L1， L2 ，L3， L4， L6 表示。 旋转轴—— 1.2.3.4.6重轴 镜面m和倒反操作i 镜面：镜像关系 倒反：类似于相机（凸透镜）等大成像 旋转反演操作―――反轴Lin 旋转＋倒反 基本对称元素名称，矩阵表达式及其等效点表 名称 符号 矩阵表达式 等效点 (1) 对称中心 i -1 0 0 X -X 0 -1 0 Y -Y 0 0 -1 Z -Z (2) 镜面 m 1 0 0 X X 0 -1 0 Y -Y 0 0 1 Z Z (3) 二重轴 2 -1 0 0 X -X 0 1 0 Y Y 0 0 -1 Z -Z (4) 三重轴 3 0 -1 0 X -Y Y-X 1 -1 0 Y X-Y -X 0 0 1 Z Z Z (5) 四重轴 4 0 -1 0 X -Y -X Y 1 0 0 Y X -Y -X 0 0 1 Z Z Z Z (6) 四重反轴 4 0 1 0 X Y -X -Y -1 0 0 Y -X -Y X 0 0 -1 Z -Z Z -Z (7) 六重轴 6 0 1 0 X Y Y-X -X -Y X-Y -1 1 0 Y Y-X -X -Y X-Y X 0 0 1 Z Z Z Z Z Z 3.七个晶系 根据晶胞形状，也就是六个晶胞参数，以及晶胞中所容纳的特征对称元素，可以把不同的晶胞分成七个类型，即七个晶系。晶胞参数的特征是各个晶系的宏观表现，是区分七个不同晶系的必要条件但不是充分的条件，只有特征对称元素是区分晶系的关键所在。 七个晶系及其特征对