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干、湿实验 系统生物学的理想就是要得到一个尽可能接近真实生物系统的理论模型；建模过程贯穿在系统生物学研究的每一个阶段。离开了数学和计算机科学，就不会有系统生物学。也许正是基于这一考虑，科学家把系统生物学分为“湿”的实验部分（实验室内的研究）和“干”的实验部分（计算机模拟和理论分析）。“湿”、“干”实验的完美整合才是真正的系统生物学。 第五节 系统生物学发展简史 1. 系统论方法 系统生物学的实验、计算与理论方法基于系统论的基本思想和方法。 系统科学（包括控制论、信息论）源于生命科学，发展了计算机科学，应用于生物科学，而且将开发出生物计算机。 系统生物学，最初开创于贝塔郎菲的一般系统理论与理论生物学，艾根的超循环理论发展了细胞、生物化学与分子层次的系统论。20世纪70年代国际召开了“系统论与生物学（systems theory and biology）”的会议，80年代召开了生物化学系统论、生物系统的计算机模型等探讨的国际会议 。 维纳与香农从动物与通讯行为的研究中提出控制论与信息论，以及后来的整个系统科学根植于有机体哲学思维，系统生物学的概念早在20世纪中叶已经提出，还有合成生物学的概念并提出于基因重组技术的产生，进化理论、有机分子合成等等，这些可以说是最早的探索。 系统生物学的发展历史经历了三个时期：第一期，生态系统，系统生态学与行为，开始于20世纪60-70年代；第二期，生理系统，系统生理学与神经、内分泌、免疫学，开始于20世纪70-80年代；第三期，遗传系统，系统遗传学与胚胎、发育生物学，系统遗传学的概念于20世纪90年代 。 1999年Nature10月刊登了系统生物科学与工程网及世界联合会筹备及国际会议等信息，并确立生物系统理论与实验、计算机、工程方法的生物系统分析与人工生物系统研究。 2000年同期，日本Kitnano举办国际系统生物学会议，美国Hood建立系统生物学研究所，美国Kool重新提出合成生物学的概念。 21世纪伊始，权威刊物Nature、Science发表系统生物学、合成生物学等专刊，终于进入了系统生物科学全球化时代。 第二章、系统生物学方法 第一节 实验与测量 1. 测量 对生物系统的有机整合是系统生物学的灵魂，需要在实验、数据计算和理论建模的所有方面实现。 以往的实验与测量是在每个分层中，针对单一系统进行的。例如线虫是研究比较充分的多细胞模式生物。整个细胞系于1983年被Sulston等鉴定，神经系统的拓扑结构被White等描述，1988年测定了DNA全序列，以及测量其神经活动、利用特殊的显微方法和先进的图象处理技术实时自动构建细胞系（Yasuda/1999,Onami/2001）等等。 其他许多生物也在被类似方法详细地实验研究。 系统生物学特定的测量目标，要求测量满足以下三点： 1）全面性，包括以下完备性： a.因子完备性 问题目标的因子需要全面测量。例如问题涉及到基因和蛋白质，则应该对于其中的所有因子全面测量，且须有一定的有效性，例如在表达谱推导调控网络时，要测量所有相关基因的表达数据。 b.条目的完备性 多数情况下，对于对目标的特征属性应该全面测量。例如，转录水平、蛋白质相互作用、磷酸化、定位以及其他特征。但是条目的完备性很难在同一组测试样本中实现，例如蛋白质相互作用网络模型的数据就是这种情况，因为涉及的蛋白质种类很多，很少有研究组可以提供多种测量技术。 c. 时序的完备性 在动态系统进行建模和分析时，在精细的时间序列内进行测量十分必要。而以往只是用“之前”或“之后”作为动态分析的测量。 3）定量精确性 这个条件十分显然，但是事实上难以达到基本要求，于是系统误差对于整合的影响的研究成为必不可少。例如，系统中某些部分或系统的某些行为对于参数敏感，而另外一些比较稳定，此时整个系统的稳定性并不一定被敏感的误差所影响，而要具体分析稳定性的原因。例如，飞机发动机和座椅对于飞机稳定性的影响不同，这是研究系统学常常遇到的问题。 2）系统性 即测量所得到的数据有系统一致性，例如多种数据来源于同一样本集，当这种要求达不到的时候，必须研究不同实验条件下的数据可以整合的理由。目前达到系统一致性的数据非常少见，因此整合条件的研究已经成为有用的课题。 2. 下一代的实验系统 由于系统生物学的研究目标和方法，要求高精度、高通量、和多系统的全面数据，从而要求测量方法是高度自动化的。特别是系统生物学要求实验采用系统干扰的方法，这种方法的实施对于实验设备和测量仪器具有高度自动化。从而需要依赖一些尖端技术，例如微流控系统、