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组员:唐蜜蜜 李萍 舒伟良 目 录 什么是生物信息学 生物信息学的产生背景 生物信息学发展过程 生物信息学的基本方法 生物信息学的研究内容 生物信息学的应用 Blast使用简单介绍 什么是生物信息学 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义 生物信息学的产生背景 生物信息学（bioinformatics)是80年代未随着人类基因组计划（Human genome project)的启动而兴起的一门新的交叉学科。它涉及生物学、数学、计算机科学和工程学，依赖于计算机科学、工程学和应用数学的基础，更依赖于生物实验和衍生数据的大量储存。事实上，它是一门理论概念与实践应用并重的学科。 生物信息学发展过程 １９５６年，在美国田纳西州盖特林堡召开的首次“生物学中的信息理论研讨会”上，便产生了生物信息学的概念 １９８７年，林华安博士正式把这一学科命名为“生物信息学”（Bioinformatics） ２０世纪后期,随着人类基因组计划的实施生物信息学有了飞速的发展 生物信息学的基本方法 建立生物数据库：如GENBANK、Protein Data Bank(PDB)等 数据库检索：Blast 序列分析：序列对位排列、同源比较、进化分析 统计模型：如隐马尔可夫模型－基因识别、药物设计 算法：如自动序列拼接、外显子预测和同源比较等 生物信息学的研究内容 获取人和各种生物的完整基因组 发现新基因和新的单核苷酸多态性 基因组中非编码区信息结构分析 在基因组水平研究生物进化 完整基因组的比较研究 蛋白质结构模拟与药物设计 生物信息学的应用 基因组分析（首要任务） 基因芯片 药物开发 基因芯片 图象分析 　 数据分析 　 数据整合/相关数据库 生物信息学与新药研制 未来的药物研究过程将是基于生物信息知识挖掘的过程 基于生物信息学的新药设计 Blast Overview Exploring BLAST search What is BLAST? Why BLAST? How to use BLAST? /BLAST Select BLAST program to use (blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx) Select database to search (notice that different BLAST programs have different databases) Enter Sequence Submit Search Running NCBI BLAST Running NCBI BLAST BLAST Format Options Interpret BLAST results - Distribution BLAST Output * * 生物信息学 物理 化学 分子 生物学 数学 信息技术 基因组分析 随着实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为HGP的一项重要的工作 发现生物学 规律 解读生物 遗传密码 认识生命的本质 研究基因组数据 之间的关系 分析现有的 基因组数据 利用数学模型 和人工智能技术 数据处理和 关联分析 发现药物 作用对象 确定靶目标 分子 针对靶目标 进行合理的 药物设计 ……新的生物学研究模式的出发点应该是理论的。科学家将从理论推测出发，然后再返回到实验中去，追踪或验证这些理论假设。……生物学家不仅必须成为计算机学者，而且也要改变他们研究生命现象的途径。 ——W. Gilbert, Towards A Paradigm Shift in Biology, Nature, 349(1991)99 实验永远起着决定作用 计算/理论生物学的发展离不开实验生物学的贡献 实验生物学日益依赖计算/理论生物学的指导 21世纪生命科学 理论 计算 实验 数学与物理科学 BLAST? is a set of similarity search programs designed to explore all of the available sequence databases regardless of whether the query is protein or DNA. Currently, it is the most popular and most accepted sequence analysis tool. Identify unknown sequences Help gene/pr