三大生物信息中心浏览、序列查询(EntrezSRS).docVIP

三大生物信息中心浏览、序列查询(ntrez/SRS) 实习目的： 1. 了解三大生物信息中心的资源 2. 会用Entrez和SRS系统查找目标序列 实习内容： 1. 三大生物信息中心浏览/ 网站上主要有以下资源： Pubmed：生物医药科学All databases：点击进入Entrez主界面，基本上包括了NCBI上所有的数据库，用于关键词搜索序列。 Blast：根据序列，搜索与之相似的其它序列。 Genome：基因组数据 OMIM：Online Mendelian Inheritance in Man 突变数据库，经常更新的人类基因和遗传，链接到其它相关的参考文献序列和相关数据库。Books:电子书籍，同书籍出版商合作NCBI为网络改编了教科书，并把他们链接到PubMed-生物医药书目数据库。这是为了给PubMed提供背景信息，这样使用者可以探究在PubMed搜索不熟悉的概念。Taxbrowser:物种分类系统，体现了已经物种之间的进化关系。 Structure:生物大分子三维结构数据库。 中文简介 /pages/ncbi-inde.htm EBI http://www.ebi.ac.uk/ European Bioinformatics Institute，是一个非盈利性的学术机构，是欧洲分子生物学实验室（EMBL，全称是European Molecular Biology Laboratory位于德国海德尔堡,是世界上著名的生命科学研究机构。）的一部分。它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务，从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。http://www.ebi.ac.uk/Databases/还有大量生物信息学工具。http://www.ebi.ac.uk/Tools/ DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html DNA Data Bank of Japan于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息。DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列。ENTREZ Entrez是一个由NCBI创建并维护的基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。Entrez提供了对GeneBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, SWISS-PROT及PDB等数据库超过105000个物种的序列数据的整合访问。还可对PubMed上生物医学文献进行检索，同时还可以对NCBI网站及其FTP上的资源进行搜索。 网址：/sites/gquery 在搜索栏输入你要查找的关键词，点击“Search”即可开始ENTREZ探索。如果输入多个关键词，它们之间默认的是“与”（AND）的关系，可以在关键词短语上使用双括号“”，则只有完全符合的记录会被搜索到。 输入关键词，点击“GO”之后，在Entrez主界面上每个数据库图标前方出现了数字,代表的是在相对应的数据库里搜索到的条目数。点击进入对应的数据库，可以查看搜索到的条目。如果在数据库图标前面为灰色，显示“none”,说明在对应的子数据库里没有搜索到任何结果 Entrez的精华在于其提供的 “Limits”、“”工具，只有充分理解并熟练运用进行复杂的检索，才能充分发挥Entrez的强大功能。”,”Advanced Search”选项，首先，点击Limits进行限定页面。 A: Limits 可以对序列发布时间或修改时间进行限定，也可以对搜索关键词的领域（field,每条genbank序列记录中左侧大写的那列）进行限定，也可以对搜索数据库进行限定，还可以对数据类型、序列位置和排除的数据类型等进行限定。 B: Advanced Search Entrez的高级搜索界面涵盖了老版的“Preview/Index”、“History”、“detail”三个选项卡的功能，而且新界面更加易用。 “Search Box”里显示的是所有的搜索条件，设定好后，点击Search则直接进入结果页面，如果不点击Search，而是直接点击Preview则只显示搜索到了多少条记录，点击记录数才会进入结果页面。 C：其它搜索技巧： 利用作者姓名检索可按以下格式：姓加名的第一个字母（johnson d）但不能在其中使用任何标点，后面加［AU］，表示在author field进行搜索 在关键词后面加“*”以检索所有以给定字符串为首的词组内容。例如，检索词组“immunologolb*”可以在数据库检索到含有诸如“immunoglobulin， immunoglobul