蛋白质作用网络中模体识别技术研究.pdfVIP

第20 期 计 算 机 技 术 与 发 展 Vo1．20 No．8 2010年 8月 COⅣP【UTERTECHN0U_jGYANDDEVEIAOPMENT Aug． 2010 蛋 白质作用网络 中模体识别技术研究 孔德生 ，何洁月 (东南大学 计算机科学与工程学院，江苏 南京 210096) 摘 要：生物网络是利用网络理论对生物系统进行建模 ，从而借助于网络的概念、属性和复杂网络研究的各种方法来理解 生物系统的演化和行为。生物网络是生物信息学中一个崭新的研究领域，特别是蛋白质作用网络中网络模体具有很重要 的生物意义。网络模体为在某个 网络 的多个不同部分出现的相互连接的子结构，其表达程度明显高于在随机 网络中的表 达。文中对模体识别技术进行了研究，系统阐述了模体识别技术的研究现状和各种技术方法 ，展望了模体识别技术 的未 来研究方向。识别大模体及将模体跟功能相结合将是该领域的发展方向。 关键词：网络模体 ；蛋 白质作用网络 ；图挖掘 中图分类号：1]P393 文献标识码 ：A 文章编号：1673—629X(2010)08—0001—04 SurveyofM otifDiscoveryAlgorithm sinProtein。_。Protein InteractionNetworks KONGDe-sheng，HEJie一3rue (SchoolofComputerScienceandEngineering，SoutheastUniversity，Nanjing210096，China) Abstract：Networktheoryisusedtomodelbiologicalsystemsbybiologicalnetworks．Therefore，theconcepts，properties，andvarious methodsofnetworkoculdbeappliedtounderstandtheevolutionandbehaviorofhiologicalsystems．Itisanew fieldofhioinforrnatics，in particularmotifsinproteininteractionnetworkhaveveryimportantbiologicalsignificance．Motifsarepatternsofinterconnectionsoccur— ringinocmplexnewtorksatnumbersthatresing ificantlyhigherthanthoseinrnadomizednewtorks．Inthispaper，giveasurveyofthe up—to—dateresearchworkna dthemethodsofmo tifdicsoveryinproteininteractionnewtork．Moreover，alsodescribesthefuturere- searchprospectinthemotifdiscovery．How toidentifylragemotifandocmbinatemo tifwithfunctionisaworkingdirectioninthefuture． Keywords：newtorkmotif；proteininteractionnetwork；graphmining O 引 言 于 “进化过程中所保存的特定功能模块”_3J。 生物网络是利用网络理论对生物系统进行建模， 模体的概念由Shen，Milo等人在文献[4]中首次 从而借助于网络的概念、属性和复杂网络研究的各种 提出，他们定义网络模体为在某个网络的多个不同部 方法来理解生物系统的演化和行