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中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2011, 33(4): 372-378 http ://www.cj
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基于密度泛函叶绿素 分子活性的量子化学计算
1,2 1,2 1,2*
程江维 湛 敏 张云怀
1 2
( 重庆大学化学化工学院, 重庆400030; 重庆市三峡库区自然生态系统结构与系统模拟重点实验室, 重庆400030)
摘要 在液相环境下, 根据量子化学密度泛函(DFT)的B3LYP泛函在6-31G基组水平的计算
结果, 从叶绿素a分子的光谱特性、特征基团对前线轨道能量贡献率、激发态、Mulliken 电荷分
布等量化参数分析比较了其各特征基团的生物活性及吸收波长。结果表明: 叶绿素a分子中的5个
活性基团中, C(33) 、O(34)所组成的酮羰基活性最强, 卟啉环的活性次之, C(36)位置上的酯羰基和
C(13)位置上的酯羰基及共轭碳碳双键的活性较弱; 在发生HOMO →LUMO跃迁后, 卟啉环转移的
电荷变化总量为0.00012 。而酮羰基得到的电荷变化总量为-0.00062 。
a
关键词 叶绿素 ; 密度泛函; 前线轨道贡献率; 活性基团
水体富营养化以及随之暴发的水华作为影响 Hz 9 MB 16 GB Linux AS 4.0 IA64
, 三级缓存 , 内存 , , 量
水质的重要因素已成为全世界面临的重大环境问 子化学计算软件Gaussian 2003 For IA64 on Linux(简
题[1,2] 。随着后三峡时代的来临, 库区藻类水华频繁暴 G03) GaussView4 IA64( GV)
称 , 分子构建软件 简称 。
发[3,4] 。研究水华的形成机制及其光合作用能量传递 1.2 简化分子的构建
机制迫在眉睫。叶绿素a(chlorophyll-a, chl-a)作为藻类 生物大分子一般都是由活性中心与辅助蛋白
细胞的重要吸光色素[5]在光合作用中起着吸收和传递 或众多的官能团组成, 生物化学活性主要由活性中
光能的关键作用[6,7] 。对其分子结构及其在光合作用 心决定, 人们为了特定的需要, 往往只关心某些官
中的活性研究对于研究水华暴发过程中藻类的能量 能团的特定功能, 因此在理论研究中对大分子进行
传递机制具有重要的生态环境意义和理论意义。 合理的简化, 既能减少工作量, 又能得到所需要的
目前对于藻类水华的研究大都侧重于水文、气 结果, 并使计算结果可信就成为一种现实的需要[17] 。
候及营养盐浓度等各类影响因子对藻类生长的耦合 chl-a
由于 分子体系较大, 电子结构复杂, 使用高精度
作用[8,9] chl-a [10]
。而对于 的研究多集中在其荧光性 、 的密度泛函法(DFT)对其进行溶剂效应和分子性质
chl-a [11]
不同环境因子对水体中 密度含量的影响 以及 的研究往往很难收敛, 不能达到预期的结果。所以
提取方法[12]等上, 对于chl-a分子的量子化学计算主 借助虚拟细胞理论[18]对
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