综述基因拷贝数异常的研究进展.pdfVIP

中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2011, 33(7): 789–795 http ://www.cj 综 述 基因拷贝数异常的研究进展 程玉强　郭卫星　程树群* (第二军医大学东方肝胆外科医院, 上海200438) 摘要 基因拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是广泛存在于人体基因组的一种结构 变异现象，主要包括拷贝数的缺失、插入、重组以及多位点的复杂变异等。最初是在病人的基因 组中发现，后来的研究表明在正常人体中也普遍存在。有关CNVs的研究将随机个体之间的基因 组差异估计值大大提高，极大的改变了人们的认识。目前，关于CNVs的研究多处在初步探索阶段， CNVs如何导致疾病，以及如何引起基因等的改变而诱发疾病的机理也需更进一步的研究加以验 证和证实。该文主要就近年来关于CNVs的研究进展作一综述。 关键词 基因拷贝数异常; 肿瘤; 单核苷酸多态性; 基因组杂交芯片技术 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是广 新。目前的检测方法主要包括: 基于芯片和DNA测 泛存在于人体基因组的一种结构变异现象, 也称为拷 序的高通量分析方法的比较基因组杂交技术(array- 贝数多态性(copy number polymorphisms, CNPs), 异常 CGH)[10-12] BAC [13] SNP [14-15] 、 芯片技术 、 分型芯片 和 1 Kb Mb (oaCGH)[23,26] PCR 片段大小从 到数 范围不等, 主要包括拷贝数 寡核苷酸芯片技术 等; 基于 技术的 的缺失、插入、重组以及多位点的复杂变异等[1-4] 。 靶向分析的多重扩增探针杂交技术(MAPH)[27]和依赖 CNVs最初是在病人的基因组中发现[5-6], 但后来的研 于连接的多重探针扩增技术(MLPA)[28] 以及高分辨率 究表明在正常人体中也普遍存在[1-2], 有统计显示, 目 TILING芯片[19]及基于芯片技术的MAPH(microarray CNVs 57 829 ( 1 CNVs MAPH) [29] (next 前共发现 约 个 图 , 已发现的 与染 方法 等。近年来, 随着下一代测序技术 色体位置关系, http://projects.tcag.ca/variation/), 其中 generation sequencing)的逐步开展, CNVs的相关检测 847 100 bp~1 Kb 30 748 CNVs 染色体倒位 ; 的插入缺失为 个; 也正变得更加高效、准确。虽然关于 的检测方 倒置断裂位点约14 478个。此外, 据Hurles[7]研究估计, 法仍在不断改进, 但每种方法都有各自的优点和不足 CNVs 12% 之处, 实际工作中还要根据具体情况选择最佳检测方 至少占到基因组的 , 已成为基因组多态性 [8] ( 1 CNVs ) 的又一重要来源 。 法表 , 不同 检测方法及适用情况 。 有关CNVs 的研究将随机个体之间的基因组差 1% 异估计值提高到大于 , 大大改变了人们先前的认 2 基因拷贝数异常的形成、作用机制 识,