基于JASMIN三维势场快速多极子算法的并行实现.pdfVIP

计 算 物 理 V01．30．No．1 第30卷第l期 PHYSICS Jan．．2013 2013年1月 CHINESEJOURNALOFCOMPUTATIONAL 文章编号：1001．246x(2013)01-0140-08 基于JASM矾三维势场快速多极子算法的并行实现 左风丽， 刘 旭， 张宝印， 胡晓燕 (北京应用物理与计算数学研究所，北京 100094) 摘 要：在JAsMIN上，基于进程／线程两级并行实现策略，研制三维Laplace核函数FMM(fastmultipolemethod)的 解法器模块“JASMIN一3DLapFMM”．该解法器已成功应用于三维静电场远场势的并行计算．固定单机问题规模， 在上万个处理器核上运行百亿粒子的大规模问题，获得进程级几乎线性的并行可扩展性．固定总的问题规模和 l 024个进程，4个线程肘，获得大约3倍的加速． 关键词：JAsMIN；三维L印lace核函数；JASMIN一3DLapFMM；并行可扩展性 中图分类号：TP338．6 文献标识码：A 0 引言 在恒星动力学，生物学，流体力学和分子动力学等应用领域中均需估计粒子间的相互作用势．如，静电 场势 中(_)=∑瓦等， ㈩(1) 中c_，=耋南，i=1¨一i ^i¨ ∈R3为电荷粒子在空间中的位置，其携带的电荷量为g。，g：，…，口Ⅳ．如果对式(1)进行直接计算，难以开展 Greedgard提出三维势场的快速多极子算法(FMM：fast multipole 详细的描述． 随着高性能并行计算机的发展和应用领域大规模数值模拟的需求，三维势场远场势的FMM算法软 现策略：将树型数据结构的层划分为“共享层”和“分布层”，这样获得较好的负载平衡，却增加了每个处 的远场势，但是，该软件没有形成通用的FMM算法基础软件包，无法直接调用．Jtilich超算中心研发了关 efficient coulomb 于天体物理和湍流问题计算远场势的“PEPc”¨1(pretcyparallel solver)软件，该软件的数 octtree 据结构采用变体的混合八叉树算法(hashed algorithm)，预计该软件可模拟十亿规模的粒子问 供多个应用领域使用的“PetFMM”软件，该软件的主要特点关注了FMM算法的动态负载平衡问题，采用 收稿日期：2012一03—30；修回日期：2012一08一02 高技术研究发展计划(2012AAOlA309，2010AA012303)资助项目 万方数据 第1期 左风丽等：基于JAsMIN三维势场快速多极子算法的并行实现 141 的快速多极子方法工具箱(FMMToolkit)的开发尚处于探索阶段，且无开源代码．基于JASMIN(JAdaptiVe StructureMeshes applications 成功应用于二维静电场远场势的计算．但是，三维Laplace型核函数FMM算法的并行实现还没实现．其基 于JAsMIN的并行实现将面临以下三个方面的困难： 1)涉及较多数学原理的3DLaplace核函数FMM算法本身比较复杂，公式较难理解； 2)3DLaplace核函数FMM算法基于“Patch”网格片接口的并行实现； 3)3D Laplace核函数的嵌套递归FMM算法的正确性验证． 因此，在JAsMIN上，为了缩短一类采用3D 高此类程序的运行效率，我们开展了3D 数的FMM算法的解法器模块“JASMIN一3DLapFMM”． 通过变量的声明、