烟草基因组计划进展篇 5. 栽培烟草主要推行品种基因组差异分析.pdfVIP

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2017-09-14 发布于山东
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烟草基因组计划进展篇 5. 栽培烟草主要推行品种基因组差异分析.pdf

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2013-10 ，34 （5 ） Chinese Tobacco Science 119 5. 550081 100 1 SNP Indel Hiseq2000 42 4853.7 Gb 133.4 G29.1 GC 37%~39%K-mer 42 4.30 Gb BWA 42 429 96.17%11.6samtools 42 6,429,601 SNP 831,597 Indel 3,334,065 297,781 SNP Indel 4.5 Gb SNP Indel [1] 0.074%~0.143%0.0066%~0.0185%SNP (0.194%-0.265% SNP SNP SNP Indel 150,076 SNP/Indel 19,874 SNP/Indel 2.3%Ka/Ks SNP SNP 1.6 2 SNP Haploview 26,727 46.6%LD 1 Mb Tag SNPsLD 8 SNP 3 PAC NJ 42 SNP 153,344 1,820,841 889,300π)0.00015 0.00160.0006[2] 120 2013 34 10 0.0015 879 879 93 scaffolds190 Mb100 SNP 66% 4 1604 FST 0.118p =0.05 FST 1635 4098 3659 93 scaffolds 64.1%1604 400 350 5 334 SNP IDBOrinoco 97 6 39.87%23.07%20.43%9.80%9.37%4.80% 50.00%25.00%12.50%6.25%3.13%1.56% 8.5% [1] Shirasawa K, Fukuoka H, Matsunaga H, et al. Genome-wide association studies using single nucleotide polymorphism markers developed by re-sequencing of the genomes of cultivated tomato[J]. DNA Res, 2013, dst033v1-dst033. [2] Huang X, Kurata N, Wei X, et al. A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice[J]. Nature, 2012, 490: 497-501.