基因组translocation 排序问题的改善多项式算法.pdfVIP

基因组Translocation排序问题的改进多项式算法’ 朱大铭 亲竣峰 马绍汉 马军 (山东大学计算机科学系，济南250100) zdo@cs.sdu.edu.cn 摘要:本文给出基因组Translocation排序问题的一个改进多项式算法。原算法所用存 储空间为0(n)，时间复杂度为0(17)。本文改进算法仍采用 0(n)存储空间，时间复杂度为 0(dlog功。 AnImpprovedAlgorithmfortheTranslocationSortingProblemofGenomes ZhuDeming LuanJunfeng MaShaohan MaJun (Dept.OfComputerScience,ShandongUniversity,Jinan250100) Abstract:Inthispaper,animprovedpolynomialalgorithmfortheTranslocation sortingproblemispresented.Theoriginalalgorithmtakes0(n)spacecomplexity tosolvetheprobleminO(ti)time.Ourimprovedalgorithmalsotakes0(功 space complexitybuttocompletethecomputationinn90001( 功 time. 1.引 言 Translocation是一个十分复杂的生物进化过程w，但Sankoffi=-0等将Translocation 进化抽象为如下简单模型。一条染色体表示为一个基因序列，每个基因表示为一个整数符号， 一次Translocation作用于两条染色体X和Y上。含义为:首先X.Y各自断裂为两段临。肋 和(Y,Y)，然后X的一段与Y的一段互换 得到两条新染色体，其中X.Y,分别称为X,Y P-P里T- focafian 的前段:,C,Y分别称为X,Y的后段。若两 p x,一pX-) 条染色体的前段互换，则称为 产尸型 G气X, } -Y,9 Translocation:若为前段与后段互换。则 Ps型刀ctab,Wim !-Y,1}X. 称为P-S型Translocation。本文只考虑最 困一:P-P型和PS塑7mnrlocaiion 一股的交互型 Translocation，即 ,C,X.,Y.Y均为非空的情形。两种Translocation如图-1所示。 一个基因组是一个染色体的集合，作用于两条染色体的一次Translocation将一个墓因. 组转化为另一个基因组.设A和B是两个基因组，A和B之间的Translocation距离定义为 将A转化为B所需最少的Translocation次数，记为d(A,功。d(A,功称为A和B之间的T- 距离。实际上，由A转化到B的任意Translocation序列均可认为是由A到B的进化过程. 由A和B计算由A转化为B的最短Translocation序列是Translocation排序问题的关键， 该问题也称为T距离计算问题。对Translocation排序问题，Kececioglu与Ravi首先给出 近似性能比为2的多项式时间近似算法，并进一步给出近似性能比为名的Translocation与 863-306汁划项目、国家自然科学签金、教育部青年教师基金、骨干教师项目资助 -638- Reversa]同时存在时重组距离计算近似算法MM。最终由Hannenhalli给出Translocation 排序的多项式算法川。有关重组排序以及在重组排序基础上的其他问题计算方法研究近年来 吸引了众多研究者的兴趣Ix,sl 1996年由Hannenhalli给出的0(n)的多项式算法7()是目前所知最好的T-E离计算多项 式算法，该算法所用存储空间为0(n)，计算两个基因组的