基于分子对接洋葱假单胞菌脂肪酶催化制备.pdfVIP

第１１卷第４期 生　 物　 加　 工　 过　 程 Ｖｏｌ．１１Ｎｏ．４ ２０１３年７月 ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｐｒｏｃｅｓｓ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｊｕｌ． ２０１３ ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－３６７８．２０１３．０４．００９ 基于分子对接的洋葱假单胞菌脂肪酶催化制备 Ｒ Ｎ （２ 甲基 ６ 乙基苯基）丙氨酸的分子机制 １，２ １，２ ２ ２ ２ 林　 明 ，江　 凌 ，胡　 燚 ，张　 洋 ，刘维明 （１． 南京工业大学 食品与轻工学院，南京 ２１１８００； ２． 南京工业大学 生物与制药工程学院，南京 ２１１８００） 摘　 要：采用分子对接方法，研究了洋葱假单胞菌脂肪酶（ＢＣＬ）不对称酯水解制备光学纯的Ｎ （２ 甲基 ６ 乙基 苯基）丙氨酸（ＮＥＭＰＡ）的分子机制。 通过将立体电子效应的构象约束条件引入计算机分子对接中，在Ａｕｔｏｄｏｃｋ ４２软件中筛选到不同烷基链长的（Ｒ，Ｓ）⁃ＮＥＭＰＡ与ＢＣＬ 活性口袋合适的反应型构象，对实验数据进行了合理解 释；基于能量最优、空间互补原则，预测了Ｖａｌ２６６和 Ｌｅｕ２８７ 为调控 ＢＣＬ 对映体选择性的关键氨基酸位点，为定点 突变提高ＢＣＬ的对映体选择性提供了理论指导。 关键词：洋葱假单胞菌；对映体选择性；Ｎ （２ 甲基 ６ 乙基苯基）丙氨酸；脂肪酶；分子对接 中图分类号：Ｑ７１　 　 　 　 文献标志码：Ａ　 　 　 　 文章编号：１６７２－３６７８（２０１３）０４－００４９－０６ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆＲ⁃Ｎ⁃（２⁃ｅｔｈｙｌ⁃６⁃ｍｅｔｈｙｌｐｈｅｎｙｌ）ａｌａｎｉｎｅ ｃａｔａｌｙｚｅｄ ｂｙＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ ｌｉｐａｓｅ ｕｓｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ ｍｅｔｈｏｄ １，２ １，２ ２ ２ ２ ＬＩＮ Ｍｉｎｇ ，ＪＩＡＮＧ Ｌｉｎｇ ，ＨＵ Ｙｉ ，ＺＨＡＮＧ Ｙａｎｇ ，ＬＩＵ Ｗｅｉｍｉｎｇ （１． Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｏｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｌｉｇｈｔ Ｉｎｄｕｓｔｒｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１１８００，Ｃｈｉｎａ； ２． Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｎａｎｊｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１１８００，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ ｅｎａｎｔｉｏｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｂｅｈａｖｉｏｒ ｏｆ ｔｈｅＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ ｌｉｐａｓｅ （ＢＣＬ）ｔｏｗａｒｄｓＮ⁃（２⁃ｅｔｈｙｌ⁃６⁃ ｍｅｔｈｙｌｐｈｅｎｙｌ）ａｌａｎｉｎｅ （ＮＥＭＰＡ） ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ｒａｃｅｍｉｃ ｅｓｔｅｒｓ ｉｎ ｅｓｔｅｒ ｈｙｄｒｏｌｙｓｉｓ ｗａｓ ｆｉｒｓｔｌｙ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅｄ ｔｈｒｏｕｇｈ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ． Ｈｅｒｅｉｎ，ａ ｎｏｖｅｌ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ （ＭＤ） ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｗａｓ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｂｙｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇｓｔｅｒｅｏ⁃ｓｅｎｓｉｎｇｍｅｃｈａｎｉｓｍｔｏｉｎｖｏｌｖｅｔｈｅｓｔｅｒｅｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｔｈｅｏｒｙ，ｗｈｉｃｈｗａｓａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ ｆｉｎｄ ｐｒｏｂａｂｌｅ ｂｉｎｄｉｎｇ ｍｏｄｅｓ ｏｆ ｔｈｅ （Ｒ，Ｓ）⁃ＮＥＭＰＡ ｅｓｔｅｒｓ