宏基因组学用于瘤胃微生物代谢研究进展.pdfVIP

动物营养学报 20 10 ,22 (3) :527535 Chi nese J ou r n al of A ni m al N u t rit i on doi : 10 . 3969/ j . i ssn . 1006267x . 20 10 . 03 . 003 宏基因组学用于瘤胃微生物代谢的研究进展 王佳堃 　安培培 　刘建新 (浙江大学奶业科学研究所 ,杭州 3 10029) 摘 　要 : 瘤胃微生物生态群落是一个非常复杂的生物体系 , 有着巨大的基因资源以及丰富的生态资源 。宏基因组 学通过免培养技术 ,研究生境中全部微小生物遗传物质的总和 , 在研究瘤 胃微生物代谢和开发瘤 胃微生物资源上 展示出强劲的优势 。该技术的应用有望解决反刍动物营养研究中诸多热点或难点问题 。为此 , 本文介绍了宏基因 组文库构建和筛选流程 , 详细讨论了流程中目的基因/ 基因组富集方法 、载体选择原则和样品核酸提取等方法 , 并 对瘤胃宏基因组学的应用现状进行了综述 。 关键词 : 瘤胃微生态; 宏基因组学 中图分类号 : S823 　　　　文献标识码 : A 　　　　文章编号 : 1006267 X (20 10) 　　瘤胃微生物生态群落是一个非常复杂的生物体 因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研 系 ,有着巨大的基因资源以及丰富的生态资源 。而 究手段 , 以微生物多样性 、种群结构 、进化关系 、功能 目前 ,通过纯培养技术分离的微生物种类仅 11 %左 活性 、相互协作关系及与环境之间的关系为研究 目 右 , 大部分信息仍处于未知状态[ 1 ] 。分子生物学技 的的新颖微生物研究方法 。它通过免培养技术 , 研 术的发展为微生物学和营养学科研人员研究瘤胃微 究生境中全部微小生物遗传物质的总和[ 9 ] , 它包含 生态系统提供了有力的方法 。利用核酸探针[ 2 ] 、基 了可培养的和未可培养的微生物的基因, 因此增加 [ 3 ] [4 ] [ 5 ] 因序列分析 、遗传指纹技术 、全细胞杂交 和实 了获得新生物活性物质的机会 , 是一条找寻新基因 时荧光定量 P C R [ 6 ] 等技术 , 人们已经在一定程度上 及其产物的新途径 。采用构建宏基因组文库的策略 了解了胃肠道微生物区系的复杂性 , 以及微生物与 筛选瘤胃微生物新的基因资源及其表达活性产物的 饲料之间的相互作用,但上述方法所提供的信息量仍 一般流程可以归纳为图 1 所示 , 即瘤 胃微生物基因 然有限。近年来发展起来的宏基因组学,直接提取特 ( ) 组 的富集; 提取瘤 胃微生物 的基 因组 D N A 或 定环境中的总 DN A ,克隆到可培养的宿主细胞中,通 m RN A ; 构建宏基因组 D N A 或 cD N A 文库; 筛选 过重组克隆子的功能和序列分析挖掘和利用那些未 目的基因; 目的基因活性产物表达 。 能培养微生物的基因资源 ,在研究瘤胃微生物代谢和 开发瘤胃微生物资源上展示出强劲的优势 。为此 ,本 2 　目的基因/ 基因组富集 文在介绍宏基因组学的概念 、宏基因组文库构建和筛 在宏基因组文库筛选过程中, 目的基因仅 占总 选流