香蕉枯萎病菌SNF1基因的克隆及生物信息学分析.pdfVIP

16O 广东农业科学 2012年第 21期 香蕉枯萎病菌SNF1基因的克隆及生物信息学分析 刘一贤 ，周端咏 --，毛 超 -一，汪 军 一，黄俊生’ (1．海南大学环境与植物保护学院，海南 海口 570100；2．中国热带农业科学院环境与植物保护研究所／ 农业部热带农林有害生物入侵监测与控制重点开放实验室 ，海南 儋州 571737) 摘 要：为了解 SⅣF1基因在香蕉枯萎病菌致病过程中的作用以及FOC1和FOC4两个生理小种之间的致病力差异关系，采 用 了PCR、RT—PCR的方法扩增了2个生理小种的SNF1基因，测序并采用生物信息学软件对相似序列进行搜索 、比对，并对该基 因编码 的预测蛋白进行氨基酸序列 比对和分析。研究结果显示 ，2个生理小种的5ⅣF1基因的ORF分别为 2136、2130bp，二者相 差 6个碱基 ，同源性为 99．5％。FOCl和FOC4的 ⅣF1基因分别编码 711、709个氨基酸，相差两个氨基酸，为丝氨酸 (FOC1)和谷氨 酰胺 (FOC1)。生物信息学软件预测结果表明该蛋白N端不存在信号肽，但具有两个相同的功能结构域位点，分子量约为79ku，pI 为 6．80。 关键词：香蕉枯萎病菌 ；生理小种；S，vF1基因；细胞壁降解酶；致病性 中图分类号：Q789 文献标识码：A 文章编号 ：1004—874X(2012)21—0160—05 CloningandbioinformaticsanalysisofSNF1genefrom Fusarium oxysporum f．sp．cubense LIUYi—xian ，ZHOUDuan—yong一，MAOChao ，WANGJun一，HUANGJun—sheng (1．Environmentar,tPlantProtectionAcademy,HainanUniversity，Haikot~570100，China； 2．KeyLaboratoryofMonitoringandControlofTropicalAgriculturalandForestlnvasiveAlienPests，MinistryofAgriculture／ EnvironmentnadPlantProtectionInstitute，ChineseAcademyofTropicalAgriculturalSciences，Danzhou571737，China) Abstract：Inordertoknow theroles0{ 』V 。1genein invasionprocessofFusarium oxysporum f．sp．cubense fFOC1 intobanana plants．andwhetheritdeterminedthedifferenceinpathogenicityoftheraceland4ofFOCtothesamebananacultivar．theSNF1genes wereamplifiedbypolymerasechainreactionandreversetranscriptionpolymerasechainreaction，andtheamplificationproductswerethen sequenced．Afterthat，thenucleotidesequencesoftheSNF1geneand thesequencesoftheirproductswerealigned usingDNAStar Meglignmentsoftware．Theresultsrevealed thatthelengthsoftheopenreadingframesofSNF1genesfrom tworacesofFusarium oxysporum f．sp．cube