陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(2): Scientia Agricultura Sinica 陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析 1,2 2 3 2 尚明照 ，刘 方 ，华金平 ，王坤波 1 2 （华中农业大学植物科学技术学院，武汉 430070 ； 中国农业科学院棉花研究所，河南安阳 455000 ； 3 中国农业大学农学与生物技术学院，北京 100871 ） 摘要：【目的】通过分析陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性，探讨影响密码子偏性形成的主要因素。【方法】 以陆地棉叶绿体基因组为研究对象，利用Mobyle及其它软件，分析叶绿体50个基因密码子的使用模式。【结果】 陆地棉叶绿体基因组密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平，GC3含量最低，与GC12的相关系数为0.14， 双尾检验未达到显著水平；单个基因 ENC 比值多分布在-0.05—0.05；对应性分析，第一轴上显示了 10.27%的差 异，与 GC3、ENC 的相关系数分别为 0.223 和-0.147，均未达到显著水平。【结论】陆地棉叶绿体密码子第三位偏 好使用嘧啶，而最优密码子多以A或 T结尾；密码子使用模式可能是由选择和突变及其它因素共同作用形成的。 关键词：陆地棉；密码子偏性；GC含量；最优密码子 Analysis on Codon Usage of Chloroplast Genome of Gossypium hirsutum 1,2 2 3 2 SHANG Ming-zhao , LIU Fang , HUA Jin-ping , WANG Kun-bo 1 2 ( College of Plant Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070; Cotton Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sc iences, Anyang 455000, Henan; 3College of Agronomy and Biotechnology, China Agricultural University, Beijing 100871) Abstract ：【Objective 】The codon usage bias in Gossypium hirsutum chloroplast genome was analyzed to find the factors affecting the formation of codon bias. 【Method 】 Codon of fifty genes which were selected from the chloroplast genome sequence of Gossypium hirsutum were studied. Mobyle and other softwares were used to calculate different parameters for the codon us