杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件优化.pdfVIP

沈阳农业大学学报 ，2008—12，39(6)：718—721 JournalofShenyangAgriculturalUniversity，2008—12，39(6)：718—721 杂草稻叶绿体psbA—trnH片段的PCR扩增条件优化 刘志文 ，一，周索童 ，韩 旭 ，曲佐寅 ，王 占久2，孙之音 ，李宪臻 ，陈温福 (1．沈阳农业大学 水稻研究所，沈阳 110161； 2．大连工业大学 生物与食品工程学院．辽宁 大连 116034) 摘要 ：对杂草稻叶绿体psbA—trnH片段的PCR扩增条件进行 了优化 ，建立 的最优体系为 ：20L反应体积含 1L模板 DNA，0．125 mM dNTPs，0．51xM正反向引物 ，1UTaq酶，2．01xL 10xTaqPCRbuffer；退火温度为61℃，在此条件下充分保证 了psbA—trnHPCR 产物的质量和纯度要求。对该片段进行 了直接测序 ，结果为5lObp左右 ，在 NCBI中比较分析表 明其测序结果准确可靠 ．经Clust W 分析表明含有丰富的系统学信息 。 关键词 ：杂草稻 ；叶绿体psbA—trnH；PCR扩增条件 ；测序 中图分类号 ：S5l1．9 文献标识码 ：A 文章编号 ：1000—1700(2008)O6—0718一o4 Optimization on thePCR Amplification ConditionsofW eedy Rice ChloroplastDNA psbA-trnH Fragment LIUZhi-wen，ZHOUSue-tong，HANXu，QUZuo-yin，WANGZhan-jiu， SUN Zhi—yin，LIXian—zhen ，CHEN Wen—fu术 (1．RiceInstitute，ShenyangA culturalUniversity，Shenyang110161，China； 2．CollegeofBio＆FoodTechnology，DalianPolytechnicUniversity，DalianLiaoning116034，China) Abstract：The PCR conditionsofweedy rice chloroplastpsbA—trnH fragmentwere optimized．Th e PCR reactionswere carried outin the conditionsof1IxL genomic DNA，0．125mM dNTPs，0．51xM forward and reverse primer，2txLIOxPCR reaction buffer, adjustedto201~LwithsterilizedH20．Theannealingtemperaturewas61℃．ThequalityandpurityofPCR productswereassured usingthese optimalconditions．The sequencing length ofthepsbA一￡mH fragmentwas about510bp using the directsequencing methods and consistentwith the NCBIGenebank data．The ClustW results showed thatthe abundantphylogenetic information wascontained． Key words：weedyrice；chloroplastpsbA—trnH；PCR amplification conditions；sequencing 在国内外水稻种植 区广泛发生的杂草稻由于其长期处于恶劣的野生状态 中，经受各种不 良环境和人为的 干扰，对环境表现出高适应性和变异性，存在着多种具有农艺价值的特异性状 ，如抗病 、耐寒 、耐旱和耐盐碱等． 同时，由于其与栽培稻有较近的亲缘关系，二者不存在生殖隔离。因此，它可作为增加栽培稻抗性和遗传多样性 以及 品种改良的特异种质资源而加以利用，以适应 日益恶化的农业生态环境 ，保证栽培稻进一步改 良和可持久 生产1]。为了更好地了解和利用杂草稻，有必