两株不同毒力EV71全基因组序列测定及分析.pdf.pdfVIP

中国人 兽共 患病学报 2012，28 (5) ChineseJourna1ofZoonoses 413 文章编号 ：1002—2694(2012)05—0413—05 两株不同毒力 EV71全基因组序列测定及分析* 李 鹏 ，宋楠楠 ，岳盈盈 ，李志会 ，张 颖 ，盖中涛 ，孟 红 摘 要 ：目的 了解济南市2008年 EV71的流行和变异情况，寻求潜在 的EV71毒力决定位点。方法 采用分段扩增 的 RT-PCR方法对Ev71JN200803和 JN200804株 的基 因组金长进行扩增、测序。对两株 EV71的全基 因组核苷酸、氨基酸序 列进行 比较，对非编码 区进行 RNA二级结构的预测和分析 ，并对 VP1区和全基 因组进行遗传进化分析 。结果 EV71 JN200803和 JN2OO8O4株的基 因组全长分别为7405nt和 7404nt，编码 区没有核苷酸 的插入和缺失，全基 因组序列的组成和 结构均符合肠道病毒 71型的特征 。JN200803和 JN200804全基 因组有 106个核苷酸突变 ，编码 区98个 ，非编码 区8个 ，编码 区多数属于同义突变，仅造成 16个氨基酸突变。遗传进化分析显示，EV71JN2OO8O3和 JN2OO8O4株与 2008年 国内其他流 行株 同属C4亚型的C4a进化分支 ，与 Fuyang／17．08／1株进化关系最近 。结论 2008年济南市流行 的EV71属于C4a亚型， 济南分离株的毒力决定位点不但具有非单一性，而且具有较为独特的济南区域特点。 关键词 ：EV71；毒力 ；全基 因组 ；序列分析 中图分类号 ：R373．2 文献标识码 ：A Completegenomesequenceanalysisoftwoenterovirus71 strainswith differentleveelofvirulence LIPeng ，SONG Nan～nan ，YUE Ying—ying ，LIZhi—hui，ZHANG Ying。，GAIZhong—tao。，MENG Hong (1．InstituteofBasicMedicine，ShandongAcademyofMedicalSciences，KeyLaboratory ofRareandUncommonDiseases，Jinan250062，China； 2．JinanInfectiousDiseasesHospital，Jinan250021，China) ABSTRACT：InordortounderstandtheprevalenceandvariationofEnterovirus71(EV71)inJinanin2008，andtoseek thepotentialvirulencegenesiteofEV71，ThecompletegenomeofJN2OO8O3andJN200804strainswasamplified，sequenced andanalyzed．TheresultsshowedthatthefulllengthoftheEV71JN20O8O3andJN2OO8O4genomewere7405and7404ntre— spectively，andnoinsertionordeletionwasdetectedinthecodingregion．ThecompletegenomesequencesofJN200803and JN200804werecompared．Therewere106nucleotidevariationswerefounded，induding98nucleotidevariationsinthecoding region，8nucleotidevariationsinthenoncodingregions．Thenucleotidevariationshappenedinthecodingregionweresynony— mousmutationsexcept16aminoacidmutations．Thephylogeneticanalysisba