N-乙酰基-L-精氨酸-甲酰胺的理论构象分析.pdfVIP

昆 明 医 学 院 学 报 2008，(6)：5O一53 CN 53—1049／R Joumal0fKunmiIlgMedicalUniversity N一乙酰基 一L一精氨酸一甲酰胺的理论构象分析 谢惠定，黄 燕，郭蕴苹，柳 波，黄大荣 (昆明医学院化学教研室，云南 昆明 650031) [摘要]目的 考虑到非键的和静电的相互作用 、拓朴能和键角的变化，研究N一乙酰基一L一精氨酸 一甲酰 胺的空间结构．方法 应用主链在低能构象和侧链在低拓朴能时 ， ，x一x 的全部组合作为初始近似， 完成了对分子的优势构象的计算，比较了精氨酸和赖氨酸的构象的可能性．结果 计算获得的N一乙酰基一L_ 精氨酸一甲酰胺的稳定构象与在已知结构的蛋白质中的精氨酸残基的几何构型相符．结论 精氨酸残基在蛋白 质中构象即为精氨酸孤立单肽的优势构象． [关键词]N一乙酰基一L一精氨酸一甲酰胺；构象分析；空间结构 [中图分类号]R523．4[文献标识码]A [文章编号]1003—4706 (2008)06—0050—05 The0reticalC0nf0m ationalAnalySis0fMethylamide0f N—Acetyl—L一 nine XIEHui—ding，HUANG Yan，GU0Yun—ping，LIU B0，HUANGDa—rong (眈肼 Pm如 ， “m 胁 d P ， m y n册 65o031， 忍 [Abstract]ObjectiVe TostudythespatialstmctureofmethylamideN—acetyl—L—argininebytakingint0 accountnon—bondedand eleetr0statjcinteI-actions， torsionaleneIgyandbondang1esdist0nion．MethOds Calculations0fthefalvourableconf0l珊 ationofthemoleculewerecarriedoutwiththeuse0faUthec0mbinati0ns0f an es ， ， xr-x4asaninitial印proximation．Thesec0rrespondedtothelow energyf0珊 softhemainchain andt0theminima0fthet0rsionp0tentials0fthesidechain．Conf0rmationalPossihilities0fa舀nineandlysine were compared．ResuIts The calculated stable c0nf0咖 ations 0fN～acetyl—L—arginine methyl踟 idewere compared with thege0metry0far nineresiduesin the pmteinswith known stmcture．Conclusion The conf0啪 ationofaLrginineinpr0teinsisthesameasthestableconf0rmati0n0farginineinthem0n叩eptide． 1Keyword Methylamide0fN—aeetyl—L—Arginine；C0nf0舯ationanalysis；Spatia1stmcture 在前文 中，对N一乙酰基 一L一赖氨酸 一甲 研究不同的 仅一氨基酸的N一乙酰基 一甲酰 酰胺分子的空间结构进行了分析，从而查明了自 胺肽的结构表明，在侧链无支链的情况下 ，主链 由的赖氨酸残基的构象可能性．笔者研究了对N一 构象的可能性取决于它的原子与cBH和 cH2的 乙酰基一L一精氨酸一甲酰胺分子相类似的问题． 相互作用．因为精氨酸和赖氨酸的侧链在 c 以 精氨酸残基在构象方面与赖氨酸非常相似，两个 前是完全相同的，则 Ac—L～Arg—NHMe和 Ac— 残基主链都含有长的疏水部分和带有正电荷的极