基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测.pdfVIP

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2017-09-10 发布于江苏
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基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测.pdf

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畜牧兽医学报2013，44(12)：1891—1899 ActaVeterinariaelZootechnicaSinica doi：10．1 1843／j．issn．0366—6964．2013．12．005 基于群体分化指数F盯的绵羊全基因组选择信号检测曾滔1一，赵福平2，王光凯2，吴明明2～，魏彩虹2，张莉2，李利1，张红平H，杜立新2+ (1．四川农业大学动物科技学院，雅安625014；2．中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京100193； 3．中国农业大学动物科技学院，北京100193) SNP50芯片分型数据，借助群体分化指数氏法进行群体间选择信号的检测分析，应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。结果，共找到343个“离群”位点，通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果。通过G()分析发现，这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目。通过群体分化指数F。能有效地检测到具有选择信号的基因，其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因，研究结果能为绵羊的育种提供参考。关键词：绵羊基因组；选择信号；候选基因；群体分化指数(F。，) 3)12—1891一09 中图分类号：$826；$813．1文献标志码：A 文章编号：0366—6964(201 Genome-wideDetectionofSelection in with SignaturesSheepPopulations Useof DifferentiationIndex Population Fsr ZENGTao 1～，ZHAO Fu-pinge，WANG Guang-kai2，WUMing-min92～， WEI Li2，HLil，ZHANG Li—xin2。 Cai—hon92，ZHANG Hong-pingh，DU Animal Scienceand (1．Collegeof Technology，Sichuan 625014，China： AgriculturalUniversity，Yatan 2．InstituteAnimalScience，Chinese of 100193，China； AcademyofAgriculturalSciences，Beijing AnimalScienceand 3．Collegeof Technology，ChinaAgriculturalUniversity，BeOing100193，China) ontheIllumina()vineSNP50 Abstract：Based dataofSunite Breadchipgenotyping sheep(n一 66)，GermanMutton