栉孔扇贝遗传图谱构建及重复元件进化分析.pdf

栉孑L扇贝遗传图谱的构建及重复元件的进化分析 摘要 l栉孔扇贝AFLP遗传连锁图谱的构建 应用AFLP技术，本研究首次构建了栉孔扇贝的遗传连锁图谱。共2l对引物组合 含19个连锁群。共94个标记。总长151IA eM，覆盖率为66，56％：雌性图谱含20个 连锁群，共97个标记，总长1610．2cM，覆盖率为66．05％。雌雄图谱中AFLP标记的 分布相对比较均匀。 2栉孔扇贝rDNA家族在自然群体内的动态协同进化模式 rDNA家族，作为串联重复多基因家族的一员，各重复单元间呈协同进化。本研究 贝rDNA家族在自然群体内的协同进化过程。在优化的条件下，由indel导致的异源双 链分子可以在DHPLC(denaturinghigh-performanceliquid 效鉴别。应用该项技术，我们筛查了栉孔扇贝自然群体40个个体ITS序列的indel多 态性。令人惊讶的是，仅7，5％的个体的ITS的组成是纯合的，而其它的个体(92．5％) 为杂合的。基于DHPLC分析中不同的峰型，7个个体被选择通过测序的方法来调查个 体内的indel多态性。进一步。单精子内indel多态性在更多的不同峰型个体中被调查。 基于这些结果，本研究提出一个符合栉孔扇贝rDNA家族在自然群体内协同进化的新模 式。不同于以往提出的模式，占群体最高比例的双峰个体可以被看作处于稳定和平衡的 状态。这一状态由快速的染色体内重组机制所维持。单峰个体可以被看作处于取得完全 均质化状态。它们在群体内仅占很低比例，因而染色体间重组的速度慢于染色体内重组 的速度。三峰个体可以被看作处于正均质化一个突变体。该突变体可通过突变或染色体 问重组产生，它们在群体内占相当高的比例，这一点或许暗示染色体间重组的速度并不 低。 9 3栉海杂交扇贝(ChlamysfarrerixArgopecten 族由偏向性基因转变介导的快速协同进化 本研究还调查了栉海杂交扇贝早期发育过程中其基因组内亲本ITS序列的变化。获 situ 技术在杂种基因组内鉴别出6个重组突变体。由于重组区域比较短，因而位点特异性重 组或许参与这一偏向性的基因转变过程。基于这些结果，我们推断rDNA家族在栉海杂 种早期发育过程中发生了由偏向性基因转变引发的快速的协同进化。 4栉孔扇贝与扇贝科其它7种扇贝ITSl二级结构的系统进化与结构进化分析 目前，在序列比对过程中对缺口进行精确定位十分困难。当比对的序列具高度变异 性时，这一缺点尤为突出。为了克服这一困难，本研究提出了一个新的策略用于解决基 于高变序列的二级结构进行系统推断问题。在这个新策略中，完整的二级结构被直接用 作聚类的字符，因而不再需要将其分解成同源的亚结构。本研究的结果显示，可靠的系 统发生关系可以从完整的二级结构比对中推断得出，但不能从序列比对中推断得出(即 便辅以结构的信息)。因而本研究结果充分支持这一新策略的在实践上的可行性。此外， 本研究还调查了扇贝科8种扇贝ITSl二级结构的进化情况。完整的ITSl二级结构可以 被分为4个结构域。互补性的碱基变化被发现存在于这4个结构域中。进一步，4个结 构域内保守的结构模序被鉴别出来。这些模序，特别是D2和D3中的模序，或许在rRNA 的成熟过程中起着重要的作用。 析 ORF(4047bp)和3’-LTR(I 348个氨基 89bp)。CFGl和PYGl元件完整的ORF包含l 酸，未发现阅读框移位现象。与它们关系最近的是花斑剑尾鱼的Ju／e元件。栉孔扇贝二 的其它元件，本研究总结了它们的主要特征，并比较了它们反转录酶(RT)域的3D结 构。CFGl元件在幼虫期mRNA的表达量的变化规律为：在原肠胚前，其逐渐升高：在 原肠胚后，其逐渐降低。而CFGl元件在闭壳肌和消化腺组织中mRNA的表达量比成 体的其它组织略微低一些。总的来看，CFGI元件mRNA的表达量在幼虫期显著高于其 在成体组织。C同GJ元件的启动子和部分组特异性抗原(G‘4G)域处于未甲基化状态， 而部分RT域则处于高度甲基化状态。因而，CFGl的表达可能是由转录后抑制机制而 不是甲基化所控制。 关键词：遗传图谱，协同进化，基因转变，结构进化，反转座子 Constructionof