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第二节 蛋白质空间结构研究方法 生物系统复杂的层次： 分子?细胞?组织?器官?系统 ?个体?种群?群落?生态系统?生物圈 结构生物学： 针对生物系统的不同层次进行研究 结构分子生物学： 研究生物大分子的三维结构与功能。以生物大分子结构及其运动的测定为基础，阐明生物分子的功能，并进而解释生命现象的科学 蛋白质构象测定思路： 通过探索蛋白质在结构变化过程中的各种光学、物理学等特征的变化，了解结构信息 （二） 荧光光谱法 （fluorescence spectrum): 有些物质吸收入射光后经过一段很短时间, （10 - 9 ~10 - 8 s）又发射出波长比原来长的光——荧光 激发能的耗散：①热运动 ② 传递给相邻分子 ③发荧光形式 蛋白自身的荧光: λTrp = 348nm； λPhe = 282nm； λTyr = 303nm 配基的荧光: 如叶绿素，FAD、藻胆素等 结合人工荧光探针的荧光 量子产率（量）： Q = 发射的荧光光子数 吸收的光子数 （三） 旋光色散谱(ORD)及圆二色谱(CD) (1 ) 原理: 偏振面：电场矢量的平面。 平面偏振光（ plane polarized light )： 仅在固定方向上有振动的光。 圆偏振光：两个电场矢量互相垂直、位相相差1/4的平面偏振光加成的光，电场矢量的尖端沿螺旋线前进，从光的传播方向看好似做圆周运动——circularly polarized light 右圆偏振光：面对光源 电场矢量顺时针转动 左圆偏振光：面对光源 电场矢量逆时针转动 (2) ORD谱： 一束光通过物质时可产生两种效应： ①折射——光转播速度降低 ②吸收——振幅降低 旋光性: 一束平面偏振光透过旋光物质时 若对左、右圆偏振光折射不同，偏振面旋转 旋光率：一束平面偏振光透过1dm(d)厚，浓度1g/ml(C)的 溶液时，偏振面旋转的角度。? = ???? · d ·C 旋光色散（ORD，optical rotatory dispersion）： 旋光率随平面偏振光的波长不同而变化的光学现象。 旋光色散谱（ORD谱）： ???? ~ ?图 ORD谱应用：构成蛋白质的aa是左旋的，肽链形成?-helix则产生右旋，在500~700nm多肽链的旋光率随波长不同而变化，根据产生的ORD谱可计算?-helix所占的比例 圆二色谱(CD) ： ?? ~? 或 摩尔椭圆度[θ] ~ ? 作图 光源? 自然光 单色器 单色光 起偏振器 平面偏光 电光调制器 左、右园偏振光 ?照射样品?记录 CD谱应用：游离aa 无圆二色性，所以 CD谱只与构象有关。 CD谱一般在两个区域： ① 远紫外区： 190 ~225nm附近为肽基 的吸收，因此远紫外区CD谱 呈现的是肽骨架的构象。 ② 近紫外区： 与aa侧链的构象有关。 在不同情况下，-S-S-，Trp ， Tyr，Phe等会出现不同的峰形， 可灵敏的反映出蛋白质的细微构象变化。 （四） 核磁共振 (NMR， nuclear magnetic resonance ) ： (1) 原理: 自旋量子数I≠0的原子核可旋转并带电，因此而产生磁矩 (?)，在外加电场作用下沿磁场方向取向，同时发生能级分裂（占有能级数为2I+1），相邻能级能量差都是△E 。 当能量为△E=h?电磁波通过时，低能核可吸收电磁波而产生跃迁—— 核磁共振 (2) NMR谱与分子结构的关系： 化学位移 :