甘蔗杆状病毒基因组片段整合入杂种甘蔗基因组的证据.pdfVIP

第3O卷 第4期 华南农业大学学报 Vo1．30．No．4 2009年 10月 JournalofSouthChinaAgriculturalUniversity 0ct．2009 甘蔗杆状病毒基因组片段整合入 杂种甘蔗基因组的证据 蔡艳清，许东林，周国辉 (华南农业大学资源环境学院植物病毒研究室，广东广州510642) 摘要：为研究甘蔗杆状病毒 Sugarcanebacill)iCo肋 virus(SCBV)的基因组片段是否整合进杂种甘蔗 Saccharuminter— specifichybrids基因组 ，以采 自广西甘蔗研究所的1株杂种甘蔗植株叶片总DNA为模板，根据已报道的甘蔗杆状病 毒基因组序列设计多条特异引物．经PCR扩增 、产物克隆及序列分析，获得 1个全长为5364bp的核苷酸序列．该 序列具有SCBV基因组结构特征 ，含有2个完整的ORF，与GenBank中已报道的2个SCBV分离物之间的核苷酸及 氨基酸序列同一性均大于70％，但该序列与完整的SCBV基因组全序列相比，不具备完全的ORF3，缺失了对病毒 复制过程极为重要的功能性基因RNaseH的序列区段．通过Southern—blot杂交分析，初步推测其为一段整合入杂种 甘蔗基因组中的SCBV基因组序列． 关键词：甘蔗杆状病毒；杂种甘蔗；病毒同源序列 ；序列分析 中图分类号：Q939．46 文献标识码：A 文章编号 ：1001—411X(2009)40．0019-05 EvidenceofSugarcanebacilliformvirusDNAFragment IntegratedintotheSaccharum Inter—SpecificHybridsGenome CAIYan—qing，XU Dong·lin，ZHOU Guo—hui (LaboratoryofVirology，CollegeofResourcesandEnvironment，SouthChinaAgriculturalUniversity，Guangzhou510462，China) Abstract：InordertoinvestigatewhetherfragmentsofSugarcanebaeiUfio virus(SCBV)wereintegrat— edintoSaccharum inter—specifichybridsgenome，aDNA rfagmenthomologoustoSCBV wasainplified fromahybridsugarcaneplant(Saccharum inter—specifichybridsvar．ROC25)growninSugarcaneRe— search Centerin GuangxiProvincewithSCBV—specificprimers．Theamplifiedfragmentswereclonedand sequenced．Thesequenceanalysisrevealedthatthisfragmentcontains5364 nucleotidesandsharesover 70％ similarityatboththenucleotidelevelandaminoacidlevelwithreposedisolatesofSCBV．These— quencehastwocompleteopenreadingflames(ORFs)，whichresemblestoSCBVORF1andORF2or— ganizationally，buttheopenreadingflameofRNaseH (RH)wasabsentcomparedwithSCBV．Basedon Southern-blotanalysis，theamplified sequencemightbeaSCBV genomicDN