基于序列和结构特征的分析植物TATA和TATA_less启动子.pdfVIP

Re s e arch P ap ers 研究报告 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2009, 36(7): 863~871 基于序列和结构特征分析植物TATA 和TATA-less 启动子* 左永春 李前忠** ( 内蒙古大学物理科学与技术学院，呼和浩特010021) 摘要 分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提．利用从PlanPromDB 数据库下载的植物Pol- Ⅱ TATA 和TATA-less 启动子数据，深入分析了两类启动子GC 偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、 TATA box 位点分布及关联位点保守性等特点，统计出两类植物启动子许多特有的序列组分和结构规律，这些规律对进一步 揭示植物Pol- Ⅱ启动子的转录调控机制有一定的帮助．通过构建能够同时考虑位点保守性和关联性的位点关联性权重矩阵扫 描模型(PCWM)，利用相应打分函数(Score)对两类启动子进行区分，得到了较好结果，说明PCWM 的预测性能要优于单碱 基的位点权重矩阵(PWM) ． 关键词 植物Pol- 启动子，序列组成偏好特征，TATA 和TATA-less 启动子，保守模体，位点关联权重矩阵(PCWM) Ⅱ 学科分类号 Q61 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00727 基因转录起始是基因表达调控中最重要的一个 子．Pol- Ⅱ负责编码蛋白质基因和部分snRNA 基 环节，真核生物基因的精确转录是在一段被称为启 因的转录，其启动子类型最多，结构也最为复杂， [2] 动子的DNA 序列上完成的．启动子承载着基因表 是启动子中最重要且研究最多的一类 ．随着这一 达最核心的调控信息，它决定着基因的转录起始、 类启动子数据的增加和研究的深入，Pol- Ⅱ启动子 转录频率及何时何地如何表达．因此，深入研究启 通常可分为含有 TATA box 的启动子(TATA 动子的结构和功能是正确揭示基因转录调控机制和 promoter)和不含有TATA box 的启动子(TATA-less 表达模式的关键，已经成为现代分子生物学研究的 promoter)两大类． [3] 热点．认识启动子的传统方法是通过生物学实验方 植物启动子是真核启动子中非常重要的一类 . 法来测定的，如基因报告检测、染色质免疫沉淀、 随着大量植物基因mRNA 测序的完成，植物启动 [1] Oligo-capping、CAGE、SAGE 等 ，这些方法对认 子的结构和特征已成为分子生物学家研究的热点之 识启动子序列特征及它们的作用机制起到很大帮 一．然而与哺乳动物(人类和小鼠)相比，植物转录 助，然而，这些实验的局限性很强，且费用较高． 起始区域调控方式的相关研究报告非常少．缺乏实 随着大规模基因组测序的完成，利用生物信息学方 验证实的启动子数据是制约植物启动子研究的原因 法分析启动子特征正逐渐走向成熟，与实验确定相 之一．本文利用PlantPromDB 数据库上给出的经 比，利用生物信息学构建的软件可以针对大规模的