麻竹磷酸乙醇胺N-甲基转移酶基因结构预测及的分析.docVIP

麻竹磷酸乙醇胺N-甲基转移酶基因的结构预测及分析 摘要：为探讨麻竹磷酸乙醇胺N-甲基转移酶蛋白的结构，通过对麻竹EST序列分析，运用生物信息学所学知识，研究麻竹磷酸乙醇胺N-甲基转移酶基因的性质。其结果显示，该蛋白质的CDs长度为993bp，等电点（PI）为6.35，相对分子质量为38033.3，利用DNAMAN等软件，对其二级结构、三级结构进行了预测和分析。除此，还利用CLC对麻竹及其它物种的磷酸乙醇胺N-甲基转移酶对应的蛋白序列进行对比分析，并利用CLC构建系统发育树。 关键词：磷酸乙醇胺N-甲基转移酶 麻竹 结构分析 Abstract: To describe the secondary structure and the tertiary structure of D.latiflorus Munro Phosphoric acid amine N-ethanol phenol-o-methyl shift enzyme. Through the use of the knowledge of bioinformatics,the properties of this protein such as isoelectric point and relative molecular mass have been explored. In addition, the phylogenetic tree based on Phosphoric acid amine N-ethanol phenol-o-methyl shift enzyme has been built. Key word: Phosphoric acid amine N-ethanol phenol-o-methyl shift enzyme D.latiflorus Munro structural analysis 磷酸乙醇胺N-甲基转移酶(phosphoethanolamine N-methyltransferase，phosphoethanolamine methyltransferase, PEAMT, EC 03)系统名为S一腺普甲硫氨酸:磷酸乙醇胺甲基转移酶(S-adenosyl-L-methionine: ethanolamine-phosphate N- methyltransferase)，是一种甲基转移酶，其主要功能是催化磷酸乙醇胺(P-EA)甲基化，最终合成磷酸胆碱(P-Cho)，是合成磷酸胆碱的关键酶[1-7]磷酸胆碱在动物体内参与合成磷脂，具有保肝强肝、促进脂质代谢和抗脂肪肝的作用；还能加速甲基转移，供给活性甲基，促进肝细胞再生。而在植物中是合成磷脂酞胆碱和甜菜碱的前体。磷脂酞胆碱植物的抗寒性相关[8]，对植物的结构和生化功能有作用。甜菜碱是一类小分子渗透调节剂，对细胞的透调节、生物大分子结构和功能的稳定有一定的作用，也能影响细胞内离子的分布。由于PEAMT在磷酸胆碱合成中的主要调控作用以及磷脂酞胆碱和甜菜碱在植物体内的作用，近年来此酶的研究越来越多。 此次研究是针对目前的现状，通过已有的EST序列，希望了解磷酸乙醇胺甲基转移酶在麻竹中的蛋白质序列的结构并对此序列进行分析。 材料和方法 1．1 材料 登陆美国国立生物技术信息中心（/），以“D.latiflorus Munro”为关键词搜索麻竹EST数据， 从而得到研究所用的EST数据。 1．2 方法 对得到9574条EST数据，并用CLC genomics Workbench3.6.1进行序列拼接得到726条contig。本预测选择的是contig426，对contig426进行比对并预测其ORF。再利用在线资源（/sms/）对所需的ORF进行翻译得到蛋白质一级结构。接着，利用DNAMAN对蛋白质序列进行亲水性质进行预测。之后，利用在线资源（/cgi-bin/protparam/protparam）对蛋白质分子量、分子式、等电点（PI）、半衰期等相关理化数据进行分析。利用在线资源利用在线资源（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ ）对该蛋白是否为跨膜蛋白进行预测。 利用在线资源（http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP-1.1/output.php）对该蛋白进行亚细胞定位。利用在线资源(http://pfam.sanger.ac.uk/search/sequence)预测该蛋白的结构域与motify搜索。利用在线资源(http://distill.ucd.ie/porter/)预测蛋白质二级结构。利用在线资源（/）对蛋白质三级结构进行预测。利用在线资源（http:/