微生物的进化、系统发育和分类鉴定99829.pptVIP

第 12 章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定 内容提要 12.1 进化的测量指征 12.2 细菌的分类 等级 界： 2、分类单元的命名 中国科学院命名（俗名） As1299―――――“1”表示细菌。 As2604―――――“2”表示酵母菌。 As3758―――――－“3”表示霉菌。 As4650――――――“4”表示放线菌。 As5604――――――“5”表示真菌。 3 细菌分类与伯杰氏手册 《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual Of Determinative Bacteriology)，美国宾夕法尼亚 大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937) 于 1923编写出版，已经进行过八次修改，现已发行第九 版。 伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要 依据，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种 的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。 12.3 微生物分类鉴定的特征和技术 2 血清学试验与噬菌体分型 3 氨基酸顺序和蛋白质分析 蛋白质是基因的产物，蛋白质氨基酸顺 序直接反应mRNA顺序而与编码基因密切相关。因此，可以通过对某些同源蛋白质氨基酸比较来分析不同生物系统发育的关系，序列相似性越高，其亲缘关系愈近。 4 核酸的碱基组成和分子杂交 DNA的碱基组成（G+C）％ 用G+C占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%) 来表示 各类生物的DNA碱基因组成特征。 5、遗传重组 大多数真核微生物都能进行有性生殖，所以 分类学上用能否进行有性生殖来定义物种。原核生 物虽没有有性生殖，但他们可以通过转化、转导和 接合作用进行染色体基因的交换。而这种交换的细 菌之间需要存在广泛的染色体同原性，否则这类重 组就不能发生。 思考题 进化 菌株 核酸探针 系统发育树 亚种或变种 分类学 系统学 模式菌株 微生物分类鉴定依据 微生物分类形态学特征 微生物分类生理生化特征 种及种以下的分类单元 学名与俗名 微生物的命名原则 对一株未知菌株，如何将其鉴定到种 * 传统分类：表性特征的相似程度分群归类；侧重应用。 生物系统学；在表性特征基础上，通过比较生物的基因型，按生物系统发育相关性水平分群归类，目标是探寻各种生物之间的进化关系。 生物进化：生物与其生存环境相互作用过程中，遗传系统随时间发生一系列不可逆的改变，导致生物表型改变与环境的相适应。 系统发育:指的是研究各类微生物进化的历史。 生物分类 在对大量微生物进行观察、分析和描述的基础上，以形态、结构、生理生化反应和遗传特征的异同为根据，按进化的规律和应用的方便，分门别类的排列成一个系统。 生物多样性：遗传多样性、物种多样性、生态系统多样性等。 微生物分类学 是研究微生物分类理论和技术方法的学科。 微生物分类 12.1 生物的进化指征 12.2 细菌分类 12.3 微生物分类鉴定的特征和技术 12.4 微生物的快速鉴定和自动化分析技术 生物大分子的结构特征，Pro、RNA、DNA的分子序列是生物进化的主要特征反映，即分子序列化的改变量与分子进化时间成正比。 生物大分子作为分子计时器或进化钟---真实记录各种生物的进化过程。 生物大分子序列的改变量可以确定生物系统发育相关性或进化距离。 1、进化指征的选择 形态学特征推断生物之间亲缘关系远近是不准确的。 生物大分子作为进化指征的条件 普遍性；功能同源性；线性排列性；变化速率低。 序列测定和分析方法：寡核苷酸编目法，全序列分析法。 2、rRNA作为进化指征 16s或18srRNA是谱系分析的分子尺； ①蛋白质合成的组分，具有功能同源性； ②保守区、变化区均存在，适用于进化距离不 同的各类生物亲缘关系研究； ③线性RNA，大小适中，测序方便； ④无论是真核生物，还是原核生物都存在，具 有普遍性。 3、rRNA的顺序和进化 全序列分析法：采用RT-双脱氧测序及PCR测序，借助计算机进行序列排序。要考虑进化过程中的突变，采用统计学方法校正。 相似系数（距离数据）：统计两序列之间的异同序列数值，来表示微生物之间的进化关系。 印记序列：微生物进化关系的重要特征，包括单碱基印记。 寡核苷酸编目法：采用rRNA酶解片断、标记、电泳及自显影技术，然后按片断大小进行编目。只获得部分序列，采用相似性统计方法，结果会出现偏差。 相似系数：SAB=2NAB/（NA+NB） 序列印迹：比较种群特有序列 分子系统树：通过比较生物大分子序列差