核酸四碱基体的量子化学计算方法比较①.pdfVIP

20 卷4 期 结 构 化 学 （JIEGOU HUAXUE ） Vol.20, No.4 2001.7 Chinese J. Struct. Chem. 313~318 核酸四碱基体的量子化学计算方法比较① 刘世熙1,2 栗旸3 曹槐1,2 ② 谢小光2 刘次全1,2 （1 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室，昆明 650223 ） （2 云南大学现代生物学研究中心，昆明 650091 ） （3 云南省卫生防疫站，昆明 650022） 对 9 种四碱基体进行了 6 种半经验方法和 HF/STO-3G 的计算，结果表明PM3 方法对四 碱基体体系的计算比较适宜，其结果与从头算结果接近，而且大大缩短了计算时间。计算 还说明，四碱基体极有可能是通过碱基对形成。由稳定能的顺序看，除已报道的 3 种四碱 基体G4、G·C·G·C 和U4 外，一种新的G·C·G·C 四碱基体也有稳定存在的可能。 关键词：量子化学计算，四碱基体，核酸 在量子化学的计算中一般而言从头算的结果 中每一个原子的参数有13 到 16 个，PM3 中则为 较好，但半经验方法由于其计算量比从头算少得 18 个（氢是11 个），而MNDO 中则是7 个，另外 多，故仍在广泛运用，尤其是对于一些较大分子[1] 。 PM3 的参数化过程是一个自动的过程[9, 10] 。几种方 目前常用的半经验方法有：CNDO 、INDO 、 法各有特点，在讨论分子结构中针对某个体系进行 MINDO/3 、MNDO 、AM1 和PM3 。CNDO 和INDO 综合比较可以提供解决问题的好途径。 都属于双电子半经验分子轨道理论，是 四碱基体是四链核酸中的基本结构单元，它 Pariser-Parr-Pople 理论的一般化，它们都忽略了双 由4 个碱基以氢键相连形成，目前实验上有报道的 中心电子排斥积分,不同之处是 INDO 没有忽略单 四碱基体有G4、G·C·G·C 和U4[11~14] 。研究四碱基 中心电子排斥积分[2-4] 。MINDO/3 是INDO 的改进 体对于探讨核酸的四链结构有十分重要的意义，由 方法，它引入了更多的实验数据，并且在参数化过 于实验的局限，通过量子化学计算从理论角度研究 程中参数是可以改变的[5] 。另一类在 NDDO 的基 四碱基体亦很有必要。然而，四碱基体对于量子化 础上提出的 MNDO 方法解决了MINDO/3 的一些 学计算来说是一个很大的体系，要用高水平的方法 缺陷（不饱和分子的生成热太正、计算键角的误差 来进行计算存在不少困难。因此，选择一种适宜的、 太大等等），它与MINDO/3 最主要的差别是在βAB 并且快速的方法来计算就显得很重要了。本文对已 和α 项中使用单原子参数，而MINDO/3 用的是 报道的3 种四碱基体和6 种预测可能存在的四碱基 AB 双原子参数[6] ；另外，MNDO 方法可以扩展到含金 体[15] ，共9 种四碱基体（见图1）作了6 种半经验 属元素的分子的研究中去，甚至可以用于过渡金属 方法和从头算的HF/STO-3G 计算，期望找出其中 [7] 。AM1 方法针对MNDO 中由于原子间的距离近 适合于四碱基体计算的方法并对四碱基体的存在 似等于它们的范德华半径之和而导致的过高估计 进一步讨论。 排斥能问题作了改进，同时也解决了氢键的计算和 反应的活化能预测等问题[8] 。AM1 和PM3 的理论 1 方 法 骨架与MNDO 相似，它们的差别在于修正核－核 排斥项的径向高斯函数不同以及参数个数，AM1 我们共选择了7 种方法来进行计算，6 种半 —————————— 2001-01-16 收到; 2001-04-26 接受 ① 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室资助项目 ② 联系人：曹槐，E-mail: huaicao@public.km.yn.cn ，通讯地址：云南大学现代生物学研究中心，650091 314