生物信息学在基因转录调控研究中的应用39769.pdfVIP

维普资讯 - 668 · 中国病理生理杂志 C}fineseJournalofPathophysiology 2004，20(4)：668—672 [文章编号] 1000—4718{2004)04—0668—05 · 综 述 · 生物信息学在基 因转录调控研究中的应用* 刘天婵 ， 余应年△ (浙江大学医学院病理生理教研室 ，浙江 杭州 310031) Applicationofbioinformaticsintranscriptionalregulation research LIUTian—chan．YUYing—nian (DepartmentofPathophysiolog)，Z]ujiangUniversitySchoolofMedicine，Hangzhou310031，China) 【AReview】 Genetranscriptionalregulationresearchisoneofthemajorchallengesinthepost— genomeem．Bioinformaticshasbecomemore importantwiht hterapidaccumulation ofcompletegenomese— quencesand theadvancesofcomputationalmethodsna drelated databases． ecurrentcomputationalap— proachesinpmrnoterprediction，trnascriptionfactorbindingsiteidentification，compositeelementsprediction， CO·-regulation ofgeneexpression na alysisnadphylogeneticfootprinting inhteregulatoryregion na alysisare discussedinhtisreview． [关键词】 生物信息学；转录因子结合部位；基因，调节 [KEYWORI~] Bioinformatics；Transcriptionfactorbindingsite；Genes，regulator [中图分类号] R318 [文献标识码] A 基因表达调控机制是后基因组时代一个重要的 成，以及各种分析程序的不断完善，计算机辅助进行 研究内容。基因正确的表达有赖于一个复杂的调控 分析 的方法 一生物信息学方法 已越来越广泛地应用 系统，而转录因子与转录因子结合部位的相互作用 于该领域。 是这一系统的重要组成部分 。不 同的转录 因子对外 1 启动子及转录因子结合部位预测 界环境的各种刺激或不同发育阶段的各种信号做出 确定转录因子结合部位 的第一步是确定启动 反应 ，结合于转录调控元件 ，激活或 抑制基 因的转 子。启动子是基因5’端近旁区域，控制转录起始的 录，从而控制不同基因的表达 。因此，进行基因表达 部位。启动子内有很多转录因子结合部位 (transcrip— 调控研究需要确定基因组序列中的转录因子结合部 tionfactorbindingsite，TFBS)，这些结合部位很短，通 位。确定单个基 因调控元件的传统实验方法包括： 常在 6bp一12bp，可 以与转录 因子结合 。各基 因启 产生一组缺失重建体 以确定启动转录所必需的最短 动子中转录因子结合部位的排列各不相同，决定着 序列；DNAseI超敏感位点研究确定转录因子结合的 基 因表达 的不 同发育阶段和组织类型。 区域 ；DNA足迹和凝胶阻滞实验 ，确定结合不 同调控 1．1 启动子预测 不同基因的启动子结构差异很 蛋 白的调控元件序列。 目前已鉴定了2000多个转 大，即