油茶FatB基因全长cDNA分离克隆及序列分析.pdfVIP

第 3O卷 第 9期 中 南 林 业 科 技 大 学 学 报 Vo】．30 N0．9 2010年 9月 JournalofCentralSouthUniversityofForestry Technology Sep．2010 油茶 FatB基因全长 cDNA的分离克隆及序列分析 郭静怡 ，谭晓风 ，王威浩 ，张党权 ，张 琳 ，陈鸿鹏 (中南林业科技大学 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室，湖南 长沙 410004) 摘 要：以油茶 湘‘林 1号’品种的近成熟种子为材料 ，采用简并PCR、RACE等技术 ，获得 了油茶 FatB基因的全长 eDNA克隆。RACE测序结果表明：油茶FatB基因不是一个单基因，而是一个多基因家族 ；用生物信息学的方法预测 各RACE片段的起始密码子和终止密码子的位置，在起始密码子上游和终止密码子下游分别设计 RT—PCR引物，RT — PCR扩增结合随机测序、生物信息学分析，分离克隆出5个基因家族成员，分别命名为CO—fatbl、co—fafb2、co—fatb3、 co—fatb4、co—fatb5，其全长 CDS为 1272、1311、1305、1305、1263bp，将上述基因序列提交至GenBank，登录号分 0为FJ899670、FJ899671、FJ899672、FJ899673、FJ899674；最后，对油茶 FatB的氨基酸序列的特殊位点进行了标识和 分析。 关键词：生物技术；FatB；RT—PCR；RACE；基因家族；油茶 中图分类号：S794．4；Q781 文献标志码：A 文章编号：1673—923X(2010)09—0066—10 Isolation andcloningoffull—length cDNA ofFatB genesfrom Camelliaoleiferaanditssequenceanalysis GUO Jing—yi，TANXiao—feng，WANGWei—hao，ZHANGDang—quan，ZHANG Lin，CHEN Hong—peng (TheKeyLabofNon—woodForestProductofForestryMinistry，CentralSouthUniversityofForestryandTechnology， Changsha410004，Hunan，China) Abstract：Usingthematurescentseedsof X‘ianglinNo．1’astestmaterical，andadoptingthedegeneratePCR andRACE， thefull—lengthcDNAofFatBgenerfomCamelliaoleiferawasobtained．AlignmentofRACErfagments’sequencingresults suggestedthatFatBgenesinCamelliaoleiferaisnotasinglegenebutamuhigenefamily．Thepositionsofinitiationcodons andstopcodonsofRACEsequenceswerepredictedbymeansofbioinfoimaticsmethod，andbasedontheseinformation，sense primerwasdesignedtolandontheupstream ofinitiationcodon，andantisenseprimerwasdesignedtolandonthedownstream ofstopcodon．LotsofcloneswereacquiredbyRT—PCRamplification，andthenbyrandomsequencingseveralclonestogether wit