Linux集群安装与并行计算.docVIP

Linux集群的安装与并行计算 1.linux安装安装过程就不多说了。需要注意的是安装时，如果机群不与外界联网则可以不考虑安全方面的因素而把rsh选为可信赖的服务，注意安装相应的软件包；如果还要与外界保持联网，出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后，应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名：node1...noden (我所构建的系统n=2)2.创建NFS服务在服务器节点public目录下建立mpi目录，并将其配置成NFS服务器，在/etc/exports文件中加入一行：/public/mpi? node1(rw)? node2(rw)在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行：sever :/pubilc/mpi? nfs? rw , bg , soft? 0 0将/public/mpi这个目录从服务器节点输出，并装载在各客户端，从而便于在各节点间分发任务3.修改/etc/hosts文件，将所有节点名称极其ip地址填入。例如：　localhost.localdomain localhost　node1　node2…………………….每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节点对其它的节点放权。例如，我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器，其他的节点是参与计算者，在node1的/etc/hosts.equiv文件是这样的：node1 #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境node2.....noden在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件：node1 #对node1放权node2......noden5.修改~/.bash_profile文件首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节点上建立新用户chief，他们的主目录都是/home/chief，必须采用同样的密码，将来的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，则必须把a.out放在同样的路境内，比如~/mpirun/a.out，每个节点都是如此。 修改~/.bash_profile文件，主要是加入下列几行脚本：export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/binexport MPI_USEP4SSPORT=yesexport MPI_P4SSPORT=22export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配置完毕了。6.配置rsh 或ssh对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户，并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。若采用ssh作为远程shell则按如下配置：以你设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行ssh-keygen，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/identity.pub文件内。然后进行访问授权，运行：cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keyschmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keysssh-agent $SHELLssh-add在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点，ssh noden，则在.ssh/下生成一个known_hosts2文件，里面放着访问该主机的密钥，把所有密钥收集起来，在各个节点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。7.开启各项必需的服务如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi