稻瘟菌WD 重复功能域中SSR 变异及其对蛋白结构影响.pdfVIP

植 物 分 类 与 资 源 学 报摇 2011,33 (4):376~382 Plant Diversity and Resources摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 DOI:10.3724/ SP.J.1143.2011.10237 稻瘟菌WD重复功能域中SSR 的变异及其对蛋白结构的影响* ** 刘摇 林, 李成云 , 高摇 源, 杨摇 静, 查友贵, 胡艳玲 (农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室, 农业生物多样性应用技术 国家工程研究中心, 云南 昆明摇 650201) 摘要: 含WD重复功能域的蛋白能够参与信号传导、 转录调控、 RNA剪切、 细胞的凋亡等多种功能, 在 病原菌与寄主植物蛋白互作的过程中扮演着重要的角色。 本研究分析了稻瘟病菌基因组中94 个WD功能 域基因编码区和调控区中SSR的组成、 分布, 并检测了7 个蛋白编码区中SSR 的变异及其对蛋白二级结 构的影响。 结果表明, WD功能域基因的编码区和调控区中都含有大量的SSR, 但是SSR在这些基因的外 显子区、 内含子区、 5忆鄄UTR和3忆鄄UTR区中SSR的组成和分布均不相同; 编码区中三碱基和六碱基SSR分 布较多, 这些SSR基序大都表现为GC含量较高和其所编码的亲水性氨基酸出现的频率远远高于疏水性氨 基酸的特点。 且检测的7个WD功能域基因的编码区中的SSR位点均具有丰富的多态性, 通过Antheprot (DPM) 软件预测发现: SSR的变异对蛋白的二级结构有一定影响。 这暗示着SSR 的变异对致病相关基因 的变异起着十分重要的作用。 关键词: 稻瘟病菌; 微卫星重复序列; WD重复功能域; 蛋白二级结构 中图分类号: Q75摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文献标识码:A摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文章编号:2095-0845(2011)04-376-07 SSR Variation in the WD Repeats Domain Genes and It忆s Effects on Protein Structure of Rice Blast Fungus,Magnaporthe oryzae ** LIU Lin,LI Cheng鄄Yun ,GAO Yuan,YANGJing,ZHA You鄄Gui,HU Yan鄄Ling (Key Laboratory of Agro鄄Biodiversity and PestManagement of EducationMinistry of China,National Engineering Research CenterAgro鄄BiodiversityApplied Technology,Kunming650201,China) Abstract:WD repeats domain containing genes can participate in signal transduction,transcriptional regulation, RNA splicing and apoptosis and so on. WD repeats domain containing genes play important roles in plant鄄pathogen interactions. SSR component and distribution in coding and regulation region of 94 WD repeats domain containing genes wereanalyzedinMagnaportheoryzae,andtheSSRvariationin7 codingregionsofWDrepeatsdomaincontai鄄 ning geneswas checked and analyzed its effect on secondary structure of protein. The result showedthat abundance of S