蛋白质表示简化物理的研究.pdfVIP

第 20 卷 　第 3 期 物 　理 　学 　进 　展 Vol.20,No.3 　2000 年 9 月 PROGRESSINPHYSICS Sept.,2000 文章编号 (2000) 蛋白质表示简化的物理研究 王骏 　王炜 (南京大学物理系固体微结构国家重点实验室 ,南京 　210093 ) 摘 　要 : 　文中概要地描述了“蛋白质折叠”的问题及其统计研究方法 ,并针对根据氨基酸 之间相互作用特性进行的氨基酸和蛋白质简化研究进行了较为细致的论述和讨论 ;并指出通 过这样的分析 ,我们不仅可以对蛋白质具体的简化字母表示有一定的了解 ,而且对于我们进 一步了解蛋白质序列结构关系有很大的帮助 。 关键词 : 　蛋白质折叠 ;能量面 ;简化表示 ;失配度 中图分类号 : 　O4 　　文献标识码 : 　A 1 　“蛋白质折叠”问题 蛋白质是生命体系中重要的功能物质 。理解它的结构特征和动力学行为 ,特别是认 识它的自然结构的形成过程 ,对于认识生命现象、控制生物过程乃至发明新型药物和诊疗 方法 ,都有着重要的理论和现实意义 。 α 蛋白质是一个复杂的软凝聚态体系 。它本身是由一些通过 氨基酸单元缩水聚合 而成的线形高分子链组织而成的体系 ,分子量从几千道尔顿到几百万道尔顿不等[1] 。由 于固有的自回避效应和相互作用性质的复杂性 ,高分子体系本身就具有许多有待深入探 讨的理论问题 ;有限却比较庞大的体系尺寸 ,为统计理论和动力学方法的应用也提出了许 多新的课题和思考 。同时 ,生物体系是一个复杂耦合的开放体系 ,蛋白质分子存在于大量 ( ) 的水分子之中 ,还受到周围众多的生物因素 如分子伴侣等 的调节和控制 ,分子与环境之 间存在着广泛的能量交换和几何影响 。这些因素的存在使得蛋白质研究成为一个很具有 挑战性的课题 。 虽然广大的生物世界形态变化多端 ,相互作用复杂 ,但是都是由相似的化学成分组织 而成 ,并且各种不同的生物体 ,从细胞到分子 ,都有着很大的相似和相关特征 。这些现象 暗示 ,在纷杂的生物组织形式背后 ,很可能蕴含着一些简单的规律性的内容 ,正是这些因 素勾画了我们周围生物世界的基本框架 ,蛋白质体系也不应例外 。1961 年 ,Anfinsen 通 过对牛胰核糖核酸酶分子二硫键重组的变复性实验 ,发现蛋白质分子在离体的环境下的 收稿 日期 　 ( ) 基金项 目: 国家杰出青年基金 的资助项 目 203 物 理 学 进 展 20 卷 适当温度和溶液环境中仍然可以自动地实现特定的生物活性和功能[2,3] ,并由此提出蛋 白质折叠过程的热力学假设 :“蛋白质的自然结构形式完全包含在相应分子的氨基酸序列 ( ) 的信息之中”。这样的观点认为自然界存在的蛋白质形态是最稳定的 自由能最低的 状 态 。这是有其热力学基础的 ,也成为了从物理规律出发来理解蛋白质结构形成过程的一 个基本出发点 。这个结论在后来的研究中也得到了更多的检验和支持 。这一假设的提出 也就打开了人们研究蛋白质成分和结构之间关系的大门。当然 ,蛋白质折叠的热力学假 设在动力学上存在着一些值得讨论的问题 ,特别是近年来蛋白致病粒子的发现引发了人 们对蛋白质稳定存在的要求的新思考 ,不过成分和序列对折叠过程和结果的影响对于大 多数蛋白质单体 ,主要是单域蛋白,都是存在且不可忽视的 ,至少这是蛋白质体