蛋白质折叠二维HP模型中关联条件及其应用.pdfVIP

贵州科学27(3)：62—66，2009 缸泣b“sc耙耽e 蛋白质折叠二维HP模型中的关联条件及其应用 王 玮1 唐延林1 刘婷婷2 (1贵州大学理学院，贵阳 550025；2贵州大学生命科学学院，贵阳550025) 摘要蛋白质折叠是生物信息学中的一个重要问题，因为蛋白质是生物功能的主要承载者，几乎所有的生物功能都与蛋白 质有关。在本文中，我们主要讨论了二维HP模型下蛋白质折叠中疏水核的关联关系，并利用关联关系避免了在求解蛋白质 链的空间结构时陷入能量局部最小值，有效地找出了蛋白质的最低能量，同时，利用关联关系去除了大量的无效构象，进而提 高搜索构象的收敛速度。 关键词蛋白质折叠，二维HP模型，疏水核，关联关系 中图分类号嘲．1 文献标识码A 文章编号 10Q3—6563(2009)03—0062一∞ InterconnectedReIatioI塔in2DHPModelandIts Application WANGWeilTANGYan．unlLIU TiIlg．tin92 (1c0如ge旷P伽洳，G“池oM‰敝瑙渺，GH咖愕550025，吼抚口；2 550025，吼讥口) 仇咖ng isan inthebioinfomlaticsbecause aremaincarriersofbio— Abstract：Protein foldingimponantproblem proteins all functionsarerelatedto t}Iis of lo百calfunction．Neallybiolo舀cal proteins．IIlarticle，therelationshipshydmpho— bicresidueswerediscussedand tosolVetllestmctureof met}lodt00k rela— applied protein．The long—andshort—rang tionsint0coIlsiderationt0andavoid minimum，aIldfoundthelowest of ener蹦local e丑-ectiVely energ)rprotein．At 山esame offailurecoⅢbrIIlationswere sothatt}Ie of stmcture time，la唱e锄ount dislodged speedfindingoptimal couldbe imploved． HP relations core，interco皿ected Keywords：proteinfolding，2Dmodel，hydrophobic 段能较容易测出构成蛋白质链的氨基酸序列，却无 1 引言 法观测出蛋白质链的空间折叠结构。 近些年来，人们开始寻求理论上的方法，并且 蛋白质折叠问题是当今生物信息技术的核心 已经提出了许多简化模型。其中文¨引中提出的 问题之一，其根本目的是根据人类需要设计出具有 httice HP模型(HP Model)，已在国际上被广泛认 某种特定功能的非天然蛋白质，蛋白质折叠结构在 同。已证实该模型对预测蛋白质螺旋结构有极高 很大程度上决定了其生物学功能，而目前的实验手