并行型Ramsey数DNA计算模型.pdfVIP

第 32卷 第 12期 计 算 机 学 报 Vo1．32 No．12 2009年 12月 CHINESEJOURNAL ()F C()MPUTERS Dec．2009 并行型Ramsey数DNA计算模型 许 进”’ 范月科” ”(华中科技大学分子生物 计算机研究所 武汉 430074) (北京大学信息科学技术学院高可信软件技术教育部重点实验室 北京 100871) 摘 要 求解 Ramsey数 的困难在于需要搜索的解空间太大，而传统的电子计算机无法在有效的时间和存储空间 上进行求解．由于DNA计算具有巨大的并行性和高密度存储能力等优点，文中研究 了Ramsey数的DNA计算模 型．针对传统的Ramsey数 DNA计算模型存在的DNA序列量过多和序列过长的不足 ，利用 DNA分子 的特性 以 及生物操作将非解尽可能较 地消除，提 出了并行型 Ramsey数 DNA计算模型，并 以R(3，10)为例 ，给出了具体的 求解步骤． 关键词 并行型；DNA计算 ；Ramsey数 中图法分类号 TP301 DOI号 ：10．3724／SP．J．1016．2009．02320 TheParallelTypeofDNA ComputingM odelforSolvingRamseyNumberProblem XU Jin FAN Yue—Ke (InstituteojBiomole~ularComputer，HuazhongUniversityofScienceandTechnology，Wuhan 430074) (KeyLaboratoryoJHighConfidemeSoytwareTechnologiesofMinistryofEducation， SchooloJE troni(sEngineeringandComputerScience．PekingUniversity．Beijing 100871) Abstract ThedifficultyofsolvingtheRamseynumberisthatthesolutionspaceistoo largeto solvebytraditionalcomputerin effectivetimeand storagespace．Moreover，forthetraditional DNA computing model，lotsofohgonuleotidesshould be designed and generated much longer DNA sequenceswhicharenotconvenientforbio—operation．ThispaperproposesaDNA compu— tingmodelforRamseynumberbasedontheenormousparallelism andhigh——densitystoragecapac—— ityofDNA molecules．Theadvantageofthismodelisthatmanyfalsesolutionscouldbedeleted 38earlyaspossible．Finally，theauthorstakeR(3，10)asanexampleandgivetheconcretesteps forsolvingtheproblem． Keywords paralleltype；DNA computing；Ramseynumber DNA计算发展 已有十多年L5]，它的优势是利 引 目 用 DNA分子具有海量的存储能力及生化反应的巨