應用核磁共振研究蛋白質的構造及動態.docVIP

Studies of protein structure and dynamics by NMR and other optical spectroscopy 演講者：黃紹光 紀 錄：黃信明 今天非常榮幸有這個機會到貴校來，來和各位一起研討蛋白質體學這門重要的課程。大家都知道，現在是新世紀剛開始的幾年，過去的那個世紀一般科學家都把他叫做物理學的世紀，因為在二十世紀初一些物理理論相繼出爐，到了後期大家逐漸對生命科學的研究產生興趣。當然生命科學本身是門很奧妙的學問，以前也許是因為各方面的理論或適宜器方面都不是這麼精確，所以研究生命科學有很多困難，但是隨著物理學以及其他學科的進展，大家又開始回到生命科學的研究，所以到了現在對於生命科學就以不同新的方式研究，所以大家就開始講現在為生物的世紀，這在全世界很多地方都可以看得出來。 今天我們聚集在一起，也就是一起研究生命科學裡面很重要的一環，也就是蛋白質體學，這個方面需要有許多不同領域的人來共同研究，所以很多國家與大學有花很多資源在上面，如中研院有成立一個center of genome research；而貴校成立一個生命科學系的意義非常重大。 今天我界這個機會和大家探討研究蛋白質體學的方法之一，主要就是利用光譜學來研究蛋白質的構造，所以我的這個題目就是以光譜學來研究蛋白質結構及動態。蛋白質之所以重要，在生物體中蛋白質是組成所有細胞、組織的基本物質，那這個生物體如何合成蛋白質，這完全看gene，通常由三個鹼基決定一個胺基酸，所以有64個組成，genetic codes可決定蛋白質是由哪幾種胺基酸所合成的，當然長度也是由genetic codes決定，最後由terminatus結束。蛋白直數量相當多，在生物體中應該超過百萬，每一個蛋白質的大小與功能都不一樣。 有些比較簡單的生物體的蛋白質量是比較複雜的，這個表示顯示不同的生物體的蛋白質大小是用幾個胺基酸來表示，有的非常大的蛋白質有大於六千個胺基酸，有的則比較小一點。NMR本身有許多先天性的不足，跟X-ray相比有許多比不上的地方，這個曲線代表的是說到目前為止NMR能夠研究的一些蛋白質都是比較小的，太大的無法研究，因為太複雜了。 剛才講過全世界每個地方對於gene、蛋白質的structure都非常的注重，像美國NIH就支持九個很大的研究中心研究protein structure，有些是專門用X-ray研究， 有些用NMR，而有些是兩個都有的，不只是美國，日本也是一樣有在研究protein structure。 在國際上有一個Data Bank，在世上有做研究的都會把結果送到這個Data bank裡面，各位可以看到從這個表格以經解出的蛋白直數量隨著時間增加，可以想像之後幾年解出蛋白質的數量將會非常的多，蛋白質可能有一百萬或是更多，所以要完全瞭解各種不同蛋白質的功能需要的時間還是很長，那麼每一個實驗室有很多的儀器，能夠解出蛋白質的結構數量非常的少。 這個表格列出來的就是利用兩種不同的方法解出蛋白質，一個是X-ray diffraction，另一各式NMR，目前為止此二法為有效的方法，X-ray能解出較多的結構，而NMR所解出的蛋白質結構佔不到五分之一。 我們研究蛋白質的構造，通常描述蛋白質的結構有幾個層次，第一個層次就是看sequence，看是由哪幾個胺基酸構成，順序是如何，NMR最主要研究第二及第三層次的構造，即研究蛋白質的骨架，他的形狀主要是因為有氫鍵、carbon、oxygen，把這個backbond變成特定的形狀；第三層包括不只骨架，涉及到side chain的形狀如何，這對蛋白質的功能也很重要，很多side chain為聚水性；再下一層是只有很多很大的protein有很多的subunit互相之間的關係，通常這方面NMR比較難研究，因為整個分子量太大。 除了這種結構以外，蛋白質的功能跟她的動態關係非常密切，這動態包括conformational freedom，所有的結構有哪些地方比較固定或鬆散，骨架有時不是很固定還有proline cis-trans ismerization，這些conformational freedom是其中之一；第二個是folding，protein如何造成固定的形狀，如何摺疊起來變成特定形狀，這過程可以用NMR來研究；第三個就是binding，protein和大分子或小分子如何結合、結合速度、結合出的結構為何？這對蛋白質的功能也非常重要。 剛剛有提到為何蛋白質的動態，因為蛋白質的動態(protein dynamics)和蛋白質的功能很有關係，所以蛋白質在發生和作用時都會牽扯到他的motion或整個結構的改變或和小分子如何結合，另外很很可能尤其在水中蛋白質的結構可能有很多其他的未知結構，然後互相的換來換去，其中也