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实验七、核酸序列二级数据库及核酸序列的预测分析（3学时） 目的：了解常用的核酸序列二级数据库的内容及其用途，熟悉分子生物学实验室常规的序列分析内容及方法。 内容：基因调控转录因子数据库TransFac、真核生物启动子数据库EPD的数据内容的了解，分子生物学实验室序列分析在线工具的了解，利用这些工具进行载体去除、鉴定序列中的酶切位点、引物设计、分析DNA组成、发现蛋白质编码区域、序列片段的组装等。 核酸序列的二级数据库。 TransFac（/pub/databases.html ）基因调控转录因子数据库 阅读TransFac的Documentation（另，/doc/toc.html 处为国内TransFac 4.0 版的documantation），了解数据库的大致内容与结构。进入TESS （/tess/ ），这是一个利用TRANSFAC等几个数据库内容构建的转录因子检索系统，在左侧的Search TRANSFAC栏中键入ABRE或者CREF，回答问题： What is ABRE/CREF？ Which species does ABRE/CREF belongs to? For ABRE, 1）give its (binding) factor AC number in wheat. 2) Describe ABRE’s comment. For CREF, 1)give it Functional Features. 了解真核生物启动子数据库EPD （http://www.epd.isb-sib.ch/index.html ）的大致内容与结构。回答问题：5、如何知道还有哪些与转录因子或转录调控位点相关的数据库？ 利用网上分析工具进行单条核酸序列分析 DNA序列分析大体上可分为两大类：①面向测序的DNA序列分析；②指定DNA序列的分析。 去除载体序列。 一般的序列测序目的有两种：1）了解未知序列的具体内容； 2）对已知序列的验证。不论哪一种测序数据，在进一步分析之前必须去除目的片段以外的污染序列。如果要对一个DNA片段进行测序，过程包括DNA片段的纯化，将其克隆进入载体，将载体转化进宿主（如E.coli）进行扩增，提取扩增后的克隆并利用不同的测序方案进行测序。在这一过程中，经常会发生一些未曾料想到的问题使得所获得的序列并不能真实地反应你想研究的遗传信息。比如，测序的序列中至少有一端包含了构建克隆的部分载体序列。对于这部分序列我们可以简单地通过与载体序列数据库的相似性搜索而发现并去除它们。但是，如果你的序列可能被其它载体序列所污染的话（即存在非实验构建所使用的载体序列），则最好在做其它工作之前发现并考虑是否要重新获得相应的DNA片段。 点击/VecScreen/VecScreen_docs.html 进入NCBI的VecScreen documentation页面 ,它包含了一个很好的序列污染方面的指南（点击页面中的contamination 链接）以及对VecScreen 是如何进行工作的解释。当你确信你可以利用VecScreen进行分析时，点击页面中的VecScreen Web Site 链接，或者直接在浏览器中输入/VecScreen/VecScreen.html 。 对GenBank 中一条AC号为U87251.1的序列进行载体污染分析。VecScreen分析可能会产生两种结果，1、Non-significant similarity found。这对你来说是个好消息。2、An output listing matches of some kinds。这可是个坏消息，说明你的序列确实包含了某种载体序列。回答问题：6、Does this sequence be contaminated? 7、If it is contaminated, which vector sequence may be evolved? 进行序列中限制性内切酶图谱分析。 Restriction map analysis是分子生物学实验中日常工作之一， 是实验室进行各种质粒构建的基础。限制性内切酶是结合在DNA分子的特异序列上，并在识别序列或其附近将双链DNA切开的酶。限制性内切酶有三类。I类和III类的切割位点和识别序列不存在严格的关系，而II类限制性内切酶则在识别序列或非常接近的位置进行切割。现在有300多种II类限制性内切酶已在实验室使用。许多酶的识别靶序列为6核苷酸，另外一些则识别更长或更短的序列。限制酶以两种不同的方式切割DNA。一些酶在DNA两条链的同一位置切开，产生平端（blunt end），另一些则在两条链的不同位置切开，通常间隔2个或4个核苷酸，结果产生的DNA片段在每一端都有短的单链突出，这被称为突出或黏性末端（stick