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合成生物学必须直面的五项挑战 石 磊/编译 有关合成生物学的一些报道给人的感觉是：操纵生命的能力似乎仅仅被想象力操控。或许不久以后，研究人员可以对细胞进行“编程”，从可再生来源（renewable source）中生产出大量的生物燃料，或检测毒素的存在，或按照人体的需要释放精确的胰岛素，等等。 对合成生物学的发展，媒体的报道曾引发人们对其未来充满了憧憬。现实是，该领域还有许多有待攻克的瓶颈 由于所有的生命都建立在大致相同的遗传密码之上，而合成生物学能够提供可重复使用的遗传成份的工具箱——生物学版本的“晶体管”和“开关”——以便任意插入“电路”。受到激励的生物学家们似乎认为基因工程可以扩展到所有的领域，具体做法是：行使所需功能的遗传序列，即把某些“部件”表征出来，形成“装置”以获得更复杂的功能，然后把这些“装置”插入细胞中。 但随着合成生物学网络不断增大，困难也随之增大，设计更复杂系统的能力也因此受到了限制，从部件的表征到系统的设计和构建，其过程中的每一步挑战都隐约可见。正在哈佛医学院从事合成生物学研究的克里斯蒂娜·阿加帕基斯（Christina Agapakis）认为，尽管“存在很多阻碍工程学的生物学问题。”但这还不足以阻止合成生物学领域的开拓者们，他们已经在着手解决以下5个关键的挑战。 挑战1：很多部件不明确 生物部件可以是从编码特异蛋白质的DNA序列到启动子（即促进基因表达的序列）的任何东西，问题是很多部件还没有被表征清楚。即使进行过测试，它们的性能也会随细胞类型的不同或不同的实验室条件而改变。 例如，设在麻省理工学院的“标准生物部件登记处”已有超过5000个可以订购的部件，但不能保证它们的质量，该登记处主任兰迪·雷特伯格（Randy Rettberg）说。其中大多数部件是由参加国际遗传工程机器设计大赛（iGEM）的大学生呈报上来的，该大赛开始于2004年，每年举办一次。在比赛中，学生们用从“工具箱”中拿来的部件或自己开发的新部件来设计合成生物系统。但是，很多参赛者没有时间表征这些部件。 来自意大利帕维亚大学的一个iGEM参赛团队，在优化微生物中的乳糖发酵时，通过把启动子放置在大肠杆菌（一种标准的实验室细菌）中，检测了取自“标准生物部件登记处”的一些启动子。尽管该团队检测的大部分启动子都能工作，但其中的几个启动子几乎没有文献报道，包括一个启动子没有活性。雷特伯格说，大约1500个登记处部件已被其他人、而不是当时存放它们的人证实过，其中50个部件据报道是不成功的，200个部件被报道有“问题”，剩余部件中究竟有多少已被检测，目前尚不清楚。 加州大学伯克利分校的合成生物学家亚当·阿金（Adam Arkin）、杰伊·科斯林（Jay Keasling）和斯坦福大学的德鲁·恩迪（Drew Endy）正在发起一项新的名为“BIOFAB”的计划，以便开发和表征新的和已存在的部件。阿金说，2009年晚些时候，他们获得了美国科学基金会140万美元的经费，现正在招聘工作人员。同时，恩迪还提出了减少不同实验室测量值中某些变异性的方法：通过测定和参考相关启动子的活性，而不是测定其绝对活性。恩迪发现，这种方法能消除50 %由实验条件和实验设备引起的测量值的变化。 这些部件工作起来就像乐高积木（Lego）。像这些刊登在《纽约客》和《连线》杂志上的图片，它们把合成生物学描绘成简单的设计和构建。而事实是，很多部件还没有被表征好，或以不同的构型、在不同的条件下以我们无法预言的方式工作 不过，使用标准化进行测量是很棘手的。例如，在哺乳动物细胞中，引进细胞的基因往往不可预测地被整合进细胞的基因组，时常影响邻近区域的基因表达。苏黎世瑞士联邦理工学院的合成生物学家马丁·傅森格（Martin Fussenegger）说：“这种复杂性是非常难于用标准化表征方法捕捉到的。” 挑战2：电路系统难预料 科斯林说，即使每个部件的功能是已知的，然而当这些部件组合在一起时，它们也可能不会像期望的那样工作。合成生物学家经常被试错法（trial-and-error）过程所困扰，这和其他现代工程学中发现的、具有更多预测性的设计程序不同。 “我们仍像莱特兄弟（飞机发明者）一样，把木头和纸装配在一起，”西班牙巴塞罗那基因组调控中心的合成生物学家路易斯·塞拉诺（Luis Serrano）说，“你放飞了一种东西，它坠毁了，然后你再尝试另一种东西，或许它飞得好一点。” 波士顿大学的生物工程师吉姆·柯林斯（Jim Collins）及其同事，试图在酵母中构建一个被称为“切换开关”（toggle switch）的系统时，遭遇了不少挫折。他的实验室曾在10年前于大肠杆菌中构建了一个“切换开关。当初他们想让细胞只表达一个基因——或称基因A、基因B——用化学信号刺激细胞以关闭基因A并表达基因B。但是，这些细