中国药科大学药物生物信息学课程复习题.docVIP

生物信息学课程习题 第一章 绪论 一、填空 1、在 1990 年，美国国会批准启动人类基因组计划，拟用 15 年时间测定人类全部 条染色体上共 3.2乘以10的9次方 个碱基序列的测定。 2、 DNA 是遗传信息的携带者。 3、蛋白质三维结构测定主要方法有 X射线晶体结构分析 和 多维核磁共振波谱分析 。 4、理想的抗生素靶标应为微生物细胞 存活 所必须，在病原体中高度保守 ，且在人体中 不存在 或与人类基因有 根本差异 。 5、下图例举了一个计算机辅助药物设计的实例，从a图中我们得到了配体上R基团附近的受体上有 谷氨酸119 和 谷氨酸227 残基，具有 酸性 性，因此可以将R基团设计为 碱 性基团，如图b中所示的 胍基 基团，使得抑制活性比改造前提高了近5000倍。 二、名词 HGP（human genome project），EST（expressed sequence tag）, SNP（single nucleotide polymorphism）, 生物信息学（Bioinformatics）， 药物基因组学（Pharmacogenomics），intron，“Junk DNA”， 比较基因组学，比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。 蛋白质组学，分子进化树（evolutionary tree），基因组， 基因组药物：基因组药物(Genomic drug)是指利用基因序列数据，经生物信息学分析、高通过基因表达、高通量功能筛选和体内外药效研究开发得到的新药候选物． 三、简答 1、简述生物信息学在药物研究开发领域的应用可体现在哪些方面？ 一初始阶段信息收集，初步调研（确定合适的药物作用靶）可行性分析（靶点结构、化合物信息） 二药物设计 三开发阶段，减少药物副作用，避免开发风险 2、如何利用基因组信息寻找新的药物作用靶标？ A基因组比较 B同源性搜索 C表达差异分析 3、如何利用人类基因组信息实现个性化治疗，其基于的原理是什么？ 4、试叙述基因芯片用于疾病诊断的原理，并说明其优缺点。 优点：速度快信息量大，灵敏度高，微型化，操作方法简单，结果易于判读 缺点：准确度和普及型有待加强 5、最近甲型流感流行，请设计甲型流感的分子诊断方法，说明其原理。 A基因诊断 B利用抗原-抗体反应 第二、三章 数据库 一、单选题 1、以下数据库不能用于检索核酸序列的是（ B ） A. GenBank B. PDB C. EMBL D.DDBJ 2、蛋白质结构数据常保存为下面哪一种格式为后缀的文件（ A ） A. PDB B. txt C. Seq D. mdb 3、下列格式属于FASTA格式的是 （ A ） A. seq1 B. seq1 C. ATGCCATA D. ATGCCATA ATGCCATA ATGCCATA 二、填空题 1、阅读以下数据格式，写出以下标注的含义： LOCUS是 序列名称 ，DEFINITION是 序列定义 ， ACCESSION是 数据库编号 ，VERSION是 版本号 ，SOURCE是 来源 在论文中使用了NCBI数据库中的该序列，应标注该序列的编号，应填 NG_007114 。 2、阅读以下Prosite中结构基序的示例，说明其中各符号含义： － 连字符用来 分离序列基序中的每个位点 。 [ ] 每个方括号中的残基代表序列基序中某一特殊位置 允许出现 的残基。 { } 大括号中的符号代表序列基序中特定位置 不允许出现 的残基。 X 表示 二十个氨基酸中的任何一个 。 (n) 代表某特定残基的 重复数 。 3、下面是NCBI中SARS病毒的基因组，请根据以下图说明SARS基因组有 13 个基因，编码 14 个蛋白。 4、检索蛋白质序列可使用哪个数据库，试举两例 SWISS-P