Petri网在生物信息学中与研究应用.pdfVIP

Petri网在生物信息学中的应用 清华大学 林 闯、杨宏坤、单志广 提纲 生物学位置/变迁网模型的表达与分析 生物学随机Petri网模型的建立和分析 生物学混合Petri网模型的建立和分析 总结和展望 生物学Petri网模型的一般表达方法 位置——代谢物； 变迁——酶促反应； 弧权——反应的化学计量系数； 位置中的标记——相应代谢物的分子数量； 变迁实施——反应发生； 网的标识变化——系统的状态改变； 某一个特定的生物过程往往是由一系列反应组成 的，将每一个反应用Petri网表达就构成了生物过 程的Petri网模型。 Petri网可以应用于生物计算的理论基础是Petri网 的结构和生物学网络的结构是高度对应的。 生物学Petri网模型的一般表达方法 + + 2NAD +2H O ⎯⎯→2NADH+2H +O 2 2 NADH NAD+ 2 2 input output compounds r1 2 H+ compounds 2 H O 2 O 2 光化磷酸化反应的Petri网模型 一些模型特点 某些位置之间存在守恒关系，如自环弧。 用抑制弧来表达抑制剂的作用 一个可逆反应是用两个变迁来表达的，每一个反 应方向对应一个变迁；有时候也会用一个双向的 弧来表示。 融合节点（fusion node ）来表达在各种反应中 经常出现的代谢物，它可以将标有相同名字的不 同位置粘连起来。 采用模块化和层次化技术，对于次要的或者不在 研究兴趣之内的子网，可以抽象为一个变迁。 P/T网模型的分析方法 基于Petri网的网络拓扑性质 连通性：反应路径 基于Petri网不变量等结构性质 关联矩阵：新陈代谢网络中的系数矩阵 T-不变量：稳态特性、基本模式（elementary modes ） S-不变量：物质守恒关系 基于Petri网可达图或可达集 可达关系：可达状态、可逆反应 状态、行为：活性（liveness），死锁（deadlocks），陷阱 （traps ），信标（siphons ）等生物意义 SPN对生物学随机现象的建模和分析 μ λ υ δ 蛋白质（protein）合成机制的随机Petri网模型 变迁平均实施速率的计算 SPN模型的分析方法 利用SPN模型中的P/T系统定性地分析 模型的静态结构性质； 构造和分析SPN对应的Markov链； 使