PCR—DGGE技术在农田土壤微生物多样性的研究中应用.pdfVIP

维普资讯 第 23卷第 8期 生 态 学 报 VoI．23。No．8 2003年 8月 ACTA ECOLOGlCA SlNlCA Aug．，2003 PCR—DGGE技术在农 田土壤微生物多样性研 究 中的应用 罗海峰 ，齐鸿雁 ，薛 凯 ，张洪勋 (中国科 学院生态环 境研 究 中心环 境生物技术研究室 ，北 京 100085) 摘要 ：变性梯度凝胶 电泳技术 (DGGE)在微生物生态学领域有着广泛 的应用 。研究采用化学裂解法直接提 取 出不 同农 田土壤微生物基 因组 DNA，并 以此基 因组 DNA 为模板 ，选择特异性 引物 Fas，GC和 Rm对 16S rRNA基因的 V3区进行扩增 ，长约 230bp的PCR产物经变性梯度凝胶 电泳 (DGGE)进行分离后 ，得到不 同数 目且分离效果较好 的电泳条带 。结果说 明 ，DGGE能够对土壤样 品中的不 同微生物 的 16SrRNA基 因 的V3区的DNA扩增片断进行分离，为这些 DNA片断的定性和鉴定提供 了条件 。与传统的平板培养方法 相 比，变性梯度凝 胶 电泳 (DGGE)技术能够更精确 的反映出土壤微生物多样性 ，它是一种有效 的微生物多 样性研 究技术 。 关键词 ：变性梯度凝胶 电泳 (DGGE)；基 因组 DNA；16SrRNA；微生物多样性 A prelim inary application of PCR—DGGE to study m icrobial diversity in soil LUO Hai-Feng，QlHong-Yan，XUE Kai，ZHANG Hong—Xun (EnvironmentalBiotechnology Lab．。ResearchCenterforEco—environmentalSciences，ChineseAcademyof Sciences，Beijing 100085，China)．Acta EcologicaSinica，2003，23(8)；1570~ 1575． Abstract：Few traditionalmethodsare applicable in study ofthe m icrobialcommunity in the field of microbialecology in recentyears，sincemostofthem relyonthemicroscopeandcultivationofbacteriaon laboratorymedia，andithadbeenprovedthatonlyabout1 oftotalnumherofactivelyrespiringbacterial cellscan beculturedon laboratorym edia．In addition，lessthan 1 bacterialspecieshave been isolated and characterized from soilsamples．As a new DNA fingerprinting technique，denaturing gradientgel electroDhoresis (DGGE)canbeusedtoanalyzethemicrobialdiversityindifferentenvironmentalsamples． ApplicationofDGGE inthisstudy hadprovided new ideasforstudyofthem icrobialcommunity in soil． Seyen soils in differentfarmland were sampled and theirgenomic DNA ofmicrobialcommunity were extracteddirectlyinchemicalmethod，whichisbasedonlysiswithahigh—saltextractionbuffer(1．5mol／L NaCI)and extend heating (2to 3 h)ofthesoilsuspension in thepresence ofsodium dodecylsulfate (SDS)，CTAB andprote