基于距离系统发生分析.pptVIP

4.4.3 距离变换法 除UPGMA法外，其他的一些基于距离矩阵的方法考虑了不同的家系有不同的进化速率，其中最简单的最早的算法是距离变换法。 这种方法充分利用了外群或外部参考物种——先于其他所有被考虑的物种 [内群或内部物种 (从它们的共同祖先中分化出来的那些物种)] 。 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） － A B C D 3 6 2 3 1 6 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 物种 A B B 10/3 C 16/3 16/3 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） 3个物种为内部物种，D为外部物种时的 距离矩阵 － 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 物种 A B B C dD=(dAD+dBD+dCD) / 3 = (12+15+10) / 3 = 37/ 3 － d’AB=(dAB-dAD-dBD) / 2 + dD = (9-12-15)/2+37/3=10/3 － 10/3 d’BC=(dBC-dBD-dCD) / 2 + dD = (11-15-10)/2+37/3=16/3 d’AC=(dAC-dAD-dCD) / 2 + dD = (8-12-10)/2+37/3=16/3 － － 16/3 16/3 4.4.4 近邻关系法 近邻关系法是由UPGMA法演变出的另一种常用的方法，强调配对物种，由此构造一棵分支长度总和最小的树。 任意一棵无根树中，仅被一个内部节点分隔的一对物种称为近邻。 D A B C a b c d e 四个物种 (A,B,C,D) 之间进化关系的通用系统发生树 上图中的系统发生树的拓扑结构给出了一些近邻间有用的代数关系，由于树是正确的且可加和，则下面的等式成立： dAC + dBD= dAD + dBC = a+b+c+d+2e = dAB + dCD+ 2e 下面的不等式也是成立的： dAB + dCD＜ dAC + dBD dAB + dCD＜ dAD + dBC 4.4.4 近邻关系法 ?例：1977年，S.Sattath和A.Tversky提出了一种用近邻关系法构建多于4个物种的树的方法。他们建立了一个距离矩阵，用矩阵中的值计算出针对前4个物种的3个数值：⑴ dAB + dCD ⑵ dAC + dBD ⑶ dAD + dBC。取和最小的两个配对打分为1，而其他的4个配对打分为0 。对数据集中所有可能的4个物种的组合都重复以上的步骤，不断累计得分。最后得分最高的一对物种聚为一组，即这两个物种是近邻，就像UPMGA法一样，得到一个新的距离矩阵，用新的距离矩阵开始新一轮的打分过程，直到只剩下3个物种（此时，树的拓扑结构已经明确确定了）。 4.4.5 邻近归并法 邻近归并法是对上面的方法做了一些改动。这类算法首先是由一棵星状树开始，不管数目多少，所有的物种都从一个中心节点出发，然后通过最小化树的分支长度和，相继找到近邻。 计算分支长度和公式： 1987年N.Saitou和M.Nei 提出 S12=（1/（2（N-2））（∑（d1k+d2k）+（1/2）d12+（1/N-2）（∑dij））） 式中树的1和2的位置可以使其中任何一对物种，N是距离矩阵中物种的数目 k 是引入外部参考物种， dij是物种 i 和 j 之间的距离； 1988年，J.Studier和K.Keppler提出一种快速算法： Q12= （N-2） d12 - ∑ d1i - ∑ d2i 4.5 最大似然法 最大似然法是另外一类完全基于统计的系统发生树重建方法的代表。该法在每组序列比对中考虑了每个核苷酸替换的概率。 例如，在第3章中我们已经知道，转换出现的概率大约是颠换的3倍。在一个三序列的比对中，发现其中有一列为一个C、一个T和一个G，有理由认为，C和T所在的序列之间的关系有可能更接近。最后根据定义，概率总和最大的那棵树最有可能是反映真实情况的系统发生树。 4