微孔隙中流体扩散系数分子动力学模拟并行算法的研究06373.pdfVIP

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2017-08-30 发布于安徽
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微孔隙中流体扩散系数分子动力学模拟并行算法的研究06373.pdf

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第!! 卷第期计算机与应用化学 7’38!! 9’8! ! ! ! ! !##$ 年月!% 日 ’()*+,-./01 2))34,1 5,(4.+-6 :,;-*/-6 !##$ 微孔隙中流体扩散系数分子动力学模拟的并行算法研究 ? ? ? ! 秦星张秉坚吕巧明胡文暄 ! ! ! # ! ! ! ! ! ! $ ?8浙江大学化学系浙江杭州 B ?##!A !8南京大学地球科学系江苏南京 ! ?##@B ! ! 摘要扩散系数计算量非常大为提高计算效率研究采用并行计算替代单机计算用非阻塞通信替代阻塞通信利用元胞分解的成果创建要拷贝的外层粒子列表用拷贝粒子和移动粒子的重叠部分来减少通信量!在空间分解# EF$ 算法的基础上对 GF 模拟的并行算法进行了改进使并行计算的效率提高了!%8 H 用改进的EF并行计算方法以I,1J/+K40*L%8# 位操作系 ! ’ ! # $ # 统和基于 G,../M,N/..40MO0+,-P/Q, GNO消息传递界面的四节点计算机集群系统 N3*.+,-$ ’ 对水分子在宏量条件下以及受限于硅酸岩狭缝中的速度自相关函数进行了GF模拟计算结果表明并行算法可以使速度自相关函数及相应的自扩散系 ’ ! 数的GF模拟时间大为缩短’ ! 关键词并行计算分子动力学模拟空间分解法微孔隙中图分类号! R$8? 文献标识码! 2 ! # $ 文章编号 ?## ?= ?# !##$ #! =%$ =@# !##$%’( )#*+$,-).#./,.%*’0)1)$%2/,3 0313**/*2)*/-$*31,(.32-% %2$*3’).%’$,( ? ? ? ! !#$%’ ! ()*#+ ,%’-%. ! /0 !%.12%’ .3)456$7. 896:.;=61?@6=%A;B (@6C%.’4%D6;A%B ).’E@17 B ?##!A (@6C%.’ ?@%. 896:.;=61F.;@GH%6H6 # ? ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! ! $ #.C%’4%D6;A%B #.C%’ ! ?##@B -%.’A