快速确定丙氨酸-α-多肽构象稳定性的新方法.pdfVIP

快速确定丙氨酸一旺一多肽构象稳定性的新方法 快速确定丙氨酸一Oc一多肽构象稳定性的新方法 研究生：王嘉 指导教师：王长生 学科专业：物理化学 中文摘要 计算。定义了丙氨酸多肽中的特殊氢原子，对构象中与特殊氧原子有关的主要非键相互作用 进行分析，确定了其相应参数及丙氨酸一a一多肤的库仑模型，探讨了电荷、平均电荷在库仑 模型中的作用。甩本文方法快速剐断多歇构象的相对稳定’炷．得到了满意的结果。具体包括： 肤中的特殊氧原子，对构象中与特殊氢原子有关的主要非键相互作用进行分析，确定了其 相应参数，使用此参数和多肽分子掏象的分子坐标或分子结构图，确定构象的相对能量， 与密度泛函理论B3LYP方法得到的相对能量比较，得到了满意的结果。 理论B3LYPt6—3 方法得到的相对能量比较，得到了满意的结果。计算四组，五组、六组及十五组平均电荷． 探讨电荷及平均电荷在库仑模型中的作用，结果表明，在库仑模型中，使用五组平均电荷 化计算的电荷比平均电荷能更好地确定构象的相对能量。 关键词：特殊氢原子；非键相互作用；库仑模型：平均电荷 快速确定丙氧酸—Ⅱ一多肽构象稳定·|生的新方法 日U苦 上世纪初，量子力学的产生不仅奠定了现代物理学的基础，而且为化学研究从宏观到微 观、从定性到定量、从静态到动态的发展提供了有效的理论方法。人们得以从电子结构层次 上认识电子与原子核相互作用形成化学键的本质，从而了解原子形成分子和固体以及化学反 化学奖授予了在加州大学圣巴巴拉分校任教的美籍奥地利入Watrer 学任教的英国人John 算方法。这也表明了理论计算化学在实验化学中的重要性及其巨大的、现实的和潜在的应用 价值。 量子化学方法显含电子计算，对电子状态进行精确计算，计算量很大；经验性的分子力 学方法不显含电子进行计算，电子状态信息包含于拟合得到的经验参数值中．计算速度快。 现在，多数的化学家都关心用化学计算来解释他们的实验结果，指导他仉的试验计划，甚至 从中获得在现有实验条件下所不能得到的某些信息。 量子化学 量子化学方法主要有三大类：从头算法．半经验法和密度泛函法。 l从头计算法刚4’ 量三个基本物理常数以及元素的原子序数．而不借助任何经验参数，计算体系全部电子的积 本近似丽不再做任何近似来求解Schr6dinger方程的，这三个基本近似为： 接近无穷大。 此在电子运动时，可认为核不动。 封《积：、l，(x!．。：．．x．，)=u，1(x1)。v2(X2)…v。(x，) ．’． 快速确定丙氧酸一Ⅱ一多肽构象稳定性的新方法 式为Hartree-Fock-Roothaan方程。 Hartree-Fock方程： fvi=818cF、{，． p=裔N一；(2允．炙j) J 向一组基函数展开，把对函数的迭代改变为对分子轨道组合系数的迭代，将方程求解过程大 大简化： Roothaan方程： 0 ¨，V=1，2。m s¨v)2 罟C。。(Rv。￡?。7 用从头算得到的平衡几何构型与实验符合较好，对单电子性质如光电子谱及电子光谱， 也能得到满意地解释。但三种近似的引入给自洽场从头算带来了一定的误差，这些误差主要 集中在非相对论近似误差和轨道近似误差上，引起体系能量的升高。非相对论近似误差的矫 JN(co或自旋非限制性Roothaan方程吵 12半经验法m”1 由于从头计算量子化学方法计算耗时，井需要较大的内存和磁盘空间，人们设法对量子 类近似计算的方法： 法： x。方法； (2)用统计平均模型计算交换位iiii MNDO，AMl