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2009 15 1 ): 100~105 2009-02-25
应用与环境生物学报 ， (
Chin J Appl Environ Biol=ISSN 1006-687X DOI: 10.3724/SP.J.1145.2009.00100
一种羟胺氧化酶基因序列的PCR扩增
及其生物信息学分析*
赵祖国 孔庆鑫 王景峰 金 敏 王新为 李君文**
(中国人民解放军军事医学科学院卫生学与环境医学研究所 天津 300050)
摘 要 采用PCR法获得不动杆菌Acinetobactor sp. YY-5的一种羟胺氧化酶(Hydroxylamine oxidoreductase, HAO)编码基
因序列并进行生物信息学分析. 根据自养菌的HAO基因序列保守区设计4对引物，通过RT-PCR获得预期大小的部分序
列，再采用Genome walking PCR法向所得的部分序列两侧延伸；对所得序列在NCBI 中进行blast分析，并用FGeneSB进
行开放读码框(Open read frame ，ORF)预测. 结果表明，RT-PCR获得了一段462 bp的序列，通过Genome walking PCR向
两侧延伸后，获得了一段3 152 bp长的序列；ORF预测结果显示所得序列可能有4个 ORF，RT-PCR获得的462 bp序列所在
3
ORF长 555 bp，对应氨基酸序列相对分子质量(M )大小为20.2×10 ；在Genebank中进行的Blast 比对分析显示，除保守区
r
的引物序列外，未发现有与此ORF存在明显相似性的HAO基因，表明这可能是一种新型羟胺氧化酶基因. 图5 表3 参 14
关键词 不动杆菌；生物信息学；生物脱氮；氨氮；PCR ；羟胺氧化酶；基因序列；开放读码框
CLC X172 : Q78
PCR Amplification and Bioinformatics of a Novel Gene Coding
*
Hydroxylamine Oxidoreductase
ZHAO Zuguo, KONG Qingxin, WANG Jingfeng, JIN Min, WANG Xinwei LI Junwen**
(Institute of Health and Environmental Medicine, Academy of Military Medical Sciences, Tianjin 300050, China)
Abstract A probable novel gene coding hydroxylamine oxidoreductase (HAO) was acquired by PCR and gene
sequencing in Acinetobactor sp. YY-5. Four pairs of PCR primers were designed according to the conservative regions of
reported HAO gene to amp
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