多氯联苯分子空间坐标与物性构效关系研究.docVIP

多氯联苯分子空间坐标与物性的构效关系研究 杨 娜 杨 林*QSPR Study on Molecular Coordinates and Physical Properties of Polychlorinated Biphenyls Yang Na Yang Lin* (Department of chemistry, Qinghai Normal University, Qinghai Xining, 810008, *corresponding author, E-mail: yanglin@qhnu.edu.cn) 引言多氯联苯(Polychlorinated Biphenyls，简称PCBs)是联苯在不同程度上由氯原子取代后生成的有机化合物总称，PCBs12类持久性有机污染物之一。环境化学家研究证明有机污染物在环境中的性质，诸如水溶性、毒性、土壤沉积物吸附系数和生物富集因子均与正辛醇/水分配系数(Kow)相关，它直接反映了有机物的疏水性和环境归趋而Sw)又与Kow密切相关，因此，Sw又与Kow被列为评价污染物性质十分有用的参数。在实验中直接测定多氯联苯的Kow是最为有效的方法，但是由于多氯联苯的水溶性极低，脂溶性极强，测定其分配系数和水溶解度是相当困难，实验值并非总可以得到，这就使得预测和估算该类有机化合物的正辛醇水分配系数和水溶解度变得非常有用，因此有必要建立一个简单可靠的估算Kow和Sw的模型近年来，大量反映化合物结构的拓扑点被开发出来并应用于化合物的定量结构性质/活性关系QSPR/QSAR）研究中目前，已有的拓扑点绝大部分是从分子的二维图形得到的，而分子是三维空间结构信息用一维的拓扑点表示其结构特征必定要有所丢失，因此化学工作者将拓扑点向三维方向拓展。是一组化学性质极其稳定的氯代烃类化合物，理论上有209个同系物异构体，目前已鉴定出130种同系物异构体单体，其中大多数为非平面化合物。分子通过对空间坐标研究，提出了原子距离指数Ys）和分子空间特征指数（YF）。用多元线性回归方法获得了多氯联苯化合物的与该空间距离指数之间良好的定量结构性质相关（QSPR）模型，定义的空间拓扑指数具有明确的分子结构和物化意义且易于计算和运用。其相关性良好，具有较的预测能力和可靠性，为3D-QSPR研究提供。应用Chem window和Chembio Office化学软件，绘制出系列分子3D结构图，确定各原子的空间点位A(x,y,z)，根据能量最低原理计算得到稳定分子空间构型，选择具有代表性的官能团原子作为坐标原点 O(x,y,z)，1′号C为坐标原点（见图1），所有原子坐标点位集合成分子矩阵M，计算各原子到原点的空间距离的得到原子空间距离指数YS，计算M的Frobenius范数得到分子空间特征指数YF。可以看出YS和YF值与分子量、密度、原子个数及分子空间构型有关，因此利用YSYF进行3D-QSPR研究具有结构与物性的良好相关性。 图 联苯分子结构Fig1 the molecular structure of biphenyl 设分子有个原子，每一个原子有一个空间坐标Ax,y,z)，有分子三维空间坐标矩阵M×3，则 (1) (i=1,2,3,…,N) (2) (3) (1)式M是N个原子组成的分子坐标阵2)式中Si是各原子到原点的欧氏距离；3)式中Y是各个原子到原点的距离，定义为原子空间距离指数将M矩阵进行奇异值分解并计算M的Frobenius范数，即 (4) (5) (6) (4)式是原子坐标矩阵M的奇异值分解SVD)；(5)式中是×3的非负对角阵，σ1σ2,…,σr，连同σr…=σN=0称为M的奇异值6)式中YF是M的Frobenius范数等于其奇异值的平方和的开方将YF定义为分子空间特征指数。数据来源.1绘制分子三维结构图和数据采集应用Chem Window和Chembio Office 2008软件，首先绘制某一系列的分子3D结构图，根据分子最优构象计算得到稳定分子空间构型，选择1′号C为坐标原点O(0,0,0)，采集分子中原子的坐标数据阵M（如：.2 计算原子空间距离指数YS和分子空间特征指数YF将化合物的空间坐标数据阵组成三维数组一个分子的原子坐标构成一个二维数组，一系列的化合物构成三维数组将多氯联苯系列化合物的空间坐标数据阵组成三维数组(i=1,2,3,…,N)。将研究的化合物三维数组组成数据源，应用Matlab软件自编程序中运算便可得到相应的原子空间距离指数YS和分子空间特征指数YF表1 分子空间坐标Table1 t