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系统生物学实验教学的实践与思考 高等理科教育2009年第1期(总第83期) 系统生物学实验教学的实践与思考 谢青杨广笑吴元喜 (华中科技大学生命科学与技术学院,湖北武汉430079) 摘要系统生物学是随着生物科学发展而出现的一门新的分支学科.我校根据系统生物学 的学科特点和我院学生的实际情况,为本科生开设了系统生物学实验课,在研究性学习理念的指 导下,逐步形成了系统生物学实验教学模式.这种模式在激发学生的创造性和从事科学研究的兴 趣方面取得了良好的效果.但是,在教学中我们也遇到了诸如实验课时不足,学生实验技能较弱 等问题.我们将在今后的实践中不断改进,完善系统生物学这门新学科的实验教学. 关键词实验教学系统生物学实验课时实验技能 中图分类号G642.423文献标识码A 2000年1月,人类基因组计划的主要发起人之一美国科学家LeroyHood创立了世界上第一 个系统生物学研究所,它标志着系统生物学的诞生….根据Hood的定义,系统生物学是研究一 个生物系统中所有组成成分包括基因,mRNA,蛋白质等的构成,以及在特定条件下这些组分间 的相互关系和相互作用,并通过计算生物学建立一个数学模型来定量描述和预测生物体的功能, 表型和行为的学科【2J.系统生物学被称为2l世纪的生物学.2003年9月,美国哈佛大学医学院 增设了系统生物学研究室,这表明系统生物学在医学和生物学领域具有重要的研究地位.麻省理 工学院也已率先建立一个由8O个研究和教学单位组成的以系统生物学为主的研究机构.在我国, 中国工程院近30位院士,专家在第l2期院士沙龙上讨论了”系统生物学的意义与前景”,提出 了我国尽快建设一个高标准的系统生物学研究平台的必要性和紧迫性,不久,上海交通大学与中 国科学院上海生命科学研究院启动了全面合作计划,成立了国内第一个系统生物学研究所. 为紧跟国外生物科学发展的步伐,并实现为社会培养高科技人才的目标,在学校的大力支持 下,我院于2005年成立了系统生物学系.我们认真研究和分析了国内外有关系统生物学研究和 发展的状况,结合我院的学科优势,面向我院大学三年级本科生开设了系统生物学实验课.结合 现代教育理念,本着培养高科技人才的目的,我们提出了在研究性理念指导下建设和开展系统生 物学实验教学J,并进行了教学实践. 一 ,系统生物学实验教学的特点 生物学经历了由宏观到微观的发展过程,由形态,表型的描述逐步分解,细化到生物体的各 种分子及其功能的研究.2003年完成了人和各种模式生物体基因组的测序,第一次揭示了人类 的生命密码.人类基因组计划和随后发展的各种组学技术,如基因组学,转录组学,蛋白质组 学,代谢组学,相互作用组学和表型组学计算生物学等,把生命科学带人了后基因时代引. ?收稿日期2008一O3一o7 作者简介谢青(1963一)女,湖北武汉人,工程师,主要从事生物化学与分子生物学,系统生物学的研究和实验教 学. 一 68— 高等理科教育系统生物学实验教学的实践与思考 后基因时代生命科学研究的,个主要特征是认为某种生命现象的出现不是由单个生物单元产 生的,它应当是许许多多生物单元以及不同层次的系统互相作用而表现的结果,因此,在生物学 的研究中需要用到系统科学的原理与方法.在每一个层次上都要考虑大量基本生物单元互相作用 的整体行为,按照这样的思维方法就形成了用交叉观点研究生命科学的系统生物学. 系统生物学的研究包括两方面的内容.6】.第一步是实验数据的取得,主要包括构建各种组 学研究高通量技术平台,提供建立模型所需的数据,并辨识出系统的结构,可以为生物系统的阐 明和定量预测提供强有力的基础;第二步是利用计算生物学建立生物模型,采集从各实验平台产 生的大量数据和信息,从中抽取隐含其内的规律并形成假说,模拟分析并用计算机验证所形成的 假说,并对拟进行的体内,体外生物学实验进行预测,最终形成可用于各种生物学研究和预测的 虚拟系统.根据系统生物学的研究内容及其学科特点,结合我院实验中心的教学条件,我们在系 统生物学实验内容安排上选择了实验技术手段先进,反映现代科学技术的实验内容. 二,实践中遇到的问题和解决对策 (一)教学课时不足的问题 根据我院教学大纲的要求,系统生物学实验教学部分为32个学时,从实验内容的安排上来 看,学时远远不够.例如为学生安排的”利用基因芯片技术鉴定细菌”的实验,是由一系列实 验组成的连续性和综合性很强的实验,实验内容包括细菌的培养,细菌基因组DNA的提取, PCR扩增,芯片杂交以及利用单通道芯片扫描仪进行检测等,实验课时严重不足,这样既加重 了学生的学习负担,也使教师的工作量大犬加重.为了解决这个问题,我们与担任系统生物学专 业分子生物学实验教师进行沟通,将有关将细菌基因组DNA的提取,PCR扩增等内容安排在分 子生物学实