基于转录组测序技术研究道地药材当归同源基因.pdfVIP

·410· 2014V01．21No．4 中国中医药科技2014年7月第21卷第4期July 基于转录组测序技术研究道地药材当归同源基因 王金权1 杨 杰1△ 练成1 丁维俊2 李炜弘2 王米渠2 2成都中医药大学·成都610075) (1--T-凉医学高等专科学校·平凉744000 摘要 目的：通过转录组测序技术全方位、深层次挖掘甘肃岷县当归的基因组资源，并进行当归同源基 因分析，为当归栽培、品种鉴定、加工、配伍及保健品开发提供理论支撑。方法：岷县现场采集-3归样品， sinensis(oliv．)diels)。采用RNAPlus方法提取岷归头、岷归尾 并经专家鉴定为-3归品种(angelica plant 2000测序仪上完成 的总RNA，质量鉴定合格后构建测序文库。测序文库检测合格后在IUumminaHiSeq 双端测序。采用相关生物信息学分析软件，实现研究目标。结果：①通过转录组测序技术，获取了63585 个-3归基因，分布于939种物种；其中序歹f1分布频率较高的前5种物种为葡萄、蓖麻、毛果杨、大豆、苜蓿 属。结论：当归基因组研究处于起步阶段，亟待深入研究。已注释基因主要分布于目前研究较深入的5 种重要经济植物，成为-3归制剂与保健品开发的分子生物学基础。 关键词转录组测序技术当归 同源基因道地药材 当归为“血中之圣药”，是使用频率最高的中药之一llJ， 1．3序列组装 assembly)将样本 有“十方九归”、“药王”之誉。我国第一部本草学著作《神农 1．3．1原始序列组装(primaryunigenes Genomics 本草经》中，列其为既能祛邪又可补虚之品旧J。《景岳全书 测序数据读本，应用CLC -本草正》：“当归，其味甘而重，故专能补血；其气轻而辛， 的scaffoldingcontig算法进行从头合成拼接，采用参数：word- 故又能行血。补中有动，行中有补，诚血中之气药，亦血中之 size=45．minimum eontiglengthI200。此阶段拼接得出的 圣药也”。当归药效成分丰富，具补血、养血、活血等功效。 序列称之为primaryunigenes。 其主要成份z一藁苯内酯、阿魏酸及香豆素葡萄糖苷等为活 应用 1．3．2最终序列组装(Finalunigenesassembly) 血化瘀的物质基础，表现为抗血小板聚集和抗凝活性¨-sj； CAP3 EST拼接软件对得到的primaryunigenes进行混合拼 而当归多糖可抗凝血及止血，起双向调节作用”j，也兼具补 接，得到一个final unigenes集合。采用cap3软件的策略为： 血养血功能【7“J。但是，当归药效成分形成的生物学基础仍 对primaryunigenes进行两次拼接，第一个使用宽松拼接参 缺乏研究。转录组测序技术作为开放性研究平台，尤其适用 数进行初始拼接，第二次使用严格拼接参数进行拼接。 于当归等基因组研究薄弱物种，可构建当归的基因组研究资 1．4 Uniprot数据库功能注释将得到的finalunigenes序列 源，可