Spring AOP在生物信息系统边缘逻辑中的应用.pdfVIP

210 2010，31(1) 计算机工程与设计 ComputerEngineeringandDesign ·开发与应用 · SpringAOP在生物信息系统边缘逻辑中的应用 杨继刚 ， 乐红兵 ， 杨 莉 (1．江南大学 信息工程学院，江苏 无锡 214122； 2．上海中医药大学 中药标准化教育部重点实验室，上海 201210) 摘 要：为分离生物信息系统中分布式数据加载等大量非系统核心的边缘逻辑处理过程，提 出了基 于springAOP技术框架 的生物通用数据加载边缘逻辑分离方法。介绍了spring面向切面编程和依赖注入的内在机制和AOP基于spring框架实现的 一 般方法及步骤，重点阐述了springAOP在生物信息系统边缘逻辑处理问题的研究与实现 应用结果表明，springAOP技术 有效地将数据加载等边缘逻辑与生物信息系统核心主逻辑分离，使生物信息系统更专注于 自身核心业务逻辑。 关键词 ：面向切面编程 ；切面；生物信息系统；依赖注入：系统边缘逻辑 中图法分类号：TP3l1．11 文献标识码：A 文章编号：1000—7024(2010)01．0210—04 ApplicationofSpringAOPinedgelogicofBioinfor-system YANGJi—gang， LEHong—bing， YANGLi (1．SchoolofInformationTechnology,SouthernYangtzeUniversity,Wuxi214122，China；2．KeyLaboratoryof StandardizationofChineseMedicinesofMinistryofEducation，ShnaghaiUniversiyt ofTraditionalChineseMedicine， Shnaghai201210，China) Abstract：Toseparatethesubsidiaryprocesses，calledsystem edgelogicsuchasdistributeddataloading，rfom biologicalinformation systems，asystem edgelogicseparationmechanism isproposedbasedonthespringAOPtechniquerfamework． Inthepresentstudy， thekernelmechanismofspringIoC AOPandtheimplementationofAOPbasedonthespringrfameworkareintroduced．Theapplication ofthetechniqueinbioinformaticsandtheresearchofedgelogicofbioinfor-systemusingspringAOPisdiscussed．Inpracticalapplication， itshowsthatspringAOPefficientlysepraatetheedgelogicrfom themainlogicofbiologicalinformationsystemsandmakesthesystem focusonitskernelbusiness． Keywords：AOP；aspect；bioinfor-system； IoC； system edgelogic 试维护。若增加单独数据加载模块，其它业务模块采取调用， 0 引 言 虽简化代码，但破坏了业务模块的业务逻辑，增加系统模块间 随着分子生物学的发展和人类基因组工程测序的完成， 耦合度。诸如此类系统边缘逻辑 问题在生物信息系统中普遍 生物信息技术研究达到了一个空前高潮 。DNA 自动测序技 存在 。面 向切面编程 (aspectorientedprogramming，AOP)通过横 术的快速发展使 DNA数据库 中的核酸序列公共数据量 以每