应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌.pdfVIP

第36 卷　第6 期 浙 江 大 学 学 报 ( 医 学 版 ) V ol 36N o 6 2007 年 JO U R N A L O F ZHEJ IA N G U N IV ER SIT Y ( M ED ICA L SCIEN CES ) 2007 : . . . . / h p w w w jo urnals zj u edu cn med 应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌 曹清毅, 侯晓丽, 吴　昊, 陈　智 ( 浙江大学医学院附属第 一医院传染病研究所, 浙江杭州310003) [ ] 目的: 以g yrB 基因序列为基础, 采用系统发育分析方法构建进 树, 对种系关系密切的 病原菌进行区分鉴别。方法: 测序获得本地区19 株大肠埃希菌、13 株志贺菌、2 株豚鼠气单胞菌、2 株嗜水气单胞菌、1 株维隆气单胞菌的gy rB 基因序列, 并将其同公共数据库已有序列合并, 构建进 树。分析各序列在树中的聚类关系, 以此对菌株进行种水平分类鉴别, 并同BL A ST 查询结果相 比较。结果: 除鲍氏和痢疾志贺菌外, 对检测的所有序列, 在进 树上与之最邻近的5 条序列均为该 种菌株。而对一部分菌株, 其BLA ST 查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列。结论: 以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别, 具有较好的分辨力和准确度。 [ ] 细菌; 基因; 鉴别; 系统发育树; gyrB 基因; BL A ST ; 序列分析 [ ] R 372[ ] A [ ] 1008-9292( 2007) 06-0531-06 Identification of closely related bacteria via phylogenetic methods - , - , , ( , CA O Qing yi HOU Xiao li W U Hao e al Institute of Inf ectious Diseases The First Aff iliated H osp ital, College of Medicine, Zhej iang Univ ersity, H angzhou 3 10003, China) [ Abstract] Obj ective: T o diff eren ia e clo sely rela ed pa hog enic bac er ia via phylo gene ic . : 19 . , 13 me ho d on he basis o f gyrB g ene sequences Methods yrB sequences o f s rains o f E coli Shigella spp . , 2 A eromonas caviae, 2 A eromonas hydrop hilia, 1 A eromonas veronii w er e de erm ined and combined w i h sequences re rieved fr om public da abases o cons ruc phylog ene ic rees . F or each sequence es ed , he iden if ica io n deduced f rom he clu s ering rela ion of sequences w as co mpar ed w i h he phene ic iden if ica io n. Results: A ll he es ed sequences, ex cep ho se of Shigella boydii and