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实验一_分子结构优化计算.pdf
实验一 — 分子结构优化计算
要求:
1. 熟悉Chem3D软件
2. 掌握分子结构的绘画方法
3. 掌握分子结构的最优化和调整技巧
4. 了解复杂分子结构的绘画
实验一 — 分子结构优化计算
内容:
1. 建模— 几种分子结构输入的方法
2. 处理— 加氢饱和价键; 加电荷
3. 优化— 分子结构参数的最优化
4. 合理化— 分子结构确定
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
分子式输入直接建模
实验一 — 分子结构优化计算
总结限制规则:
步骤1: 建模的三种方式
• 简单常见分子
• 区分大小写
分子式输入直接建模
• 总是取价键结构
• 与分子式写法有关
输入
CO, CO2, NO2, NO3, C2N2 • 可以同时输入多个分子
C2H6, CH3CCl3, C3H6, C3H4
C6H6, C6H5OH, C10H8
HCOOH, CH3OH, CH3COCH3, CH3COOCH3,
NH2CH2COOH, C2H5NO2
H2SO4, HNO3, H3PO4, H2CO3
问题1-1. 对于红色标记的分子, 怎样获得正确的结构?
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
化学键建模
默认是C原子! 单键 双键 三键 虚键
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
化学键建模
单键 碳链 碳环
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
化学键建模 问题1-2. 画“三键链” 的结果是什么?
问题1-3. 画出多个联苯环的共轭结构.
双键 双键链 三键
单双键交替 成环
自动共轭
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
化学键建模 可以用字符输入改变原子
点击要改变的原子
输入目标元素
实验一 — 分子结构优化计算
步骤1: 建模的三种方式
化学键建模 可以改变键级
选中要改变的键
点击鼠标右键
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