基因组DNA变异的检测.pptVIP

人类疾病易感基因鉴定大赛 系列讲座内容： 一、生物实验室规范与微量移液器操作 （俞建瑛 副教授） 二、基因组DNA的提取和酶切 （李素霞 副教授） 三、PCR原理与技术 （吴海珍 副教授） 四、基因组DNA变异的检测 （欧阳立明 副教授） 人类疾病易感基因鉴定大赛系列讲座之四基因组DNA变异的检测 Teacher: 欧阳立明 博士 生物工程学院·应用生物学系 2008.7 奉贤 Contents 生命的核心奥秘 生命的奥秘？ 多样性 发育的时空特异性 对环境的反应 遗传与变异 都可以从基因组中找到答案！ 什么是基因组？ 基因组（Genome）——生物体全部的遗传物质； 原核生物的基因组 真核生物的基因组：细胞核；细胞器 生物体——对基因组信息复制、传递、解码的复杂系统。 人类基因组概况 The Human Genome Project (HGP)是代表性测序：24条染色体（22条常染色体+X+Y）；3×109碱基 只有约3%DNA编码蛋白质 约3~4万个基因 人体基因组核型图 每个人的基因组一样吗？ 随着测序技术的飞速发展，2007年基因组测序开始进入了个体化时代。 Waston Venter (Diploid genome sequence) 炎黄1号 个体之间基因组的差异约在0.1~1%！ ——2007年《Science》评出的十大科学进展之首！ 个体基因组差异中的秘密 为什么？ 基因组差异的主要表现 SNP (Single nucleotide polymorphism)：单核苷酸多态性，基因组中数量最多的分子标记 SSLP (Simple sequences length polymorphism)，简单序列长度多态性，也称微卫星 (Microsatellite) Insertion and deletion (Indel)：碱基的插入和缺失 SNP的特点 就好像单词的变体或者中文中的通假字 在基因组中大量存在，已经报道了超过300万个SNP，估计整个人类中存在1500万个SNP 一般为二等位性 转换(transition, 如A→G)高于颠换(transversion, 如A→T) 同一位点极少发生再次复制错误 30%位于编码区，70%位于非编码区 DNA的双链互补结构 同源染色体、姐妹染色单体、等位位点 同源染色体、姐妹染色单体、等位位点 同源染色体：是指形态、结构、遗传组成基本相同的染色体。对于同一个体来说，同源染色体对在减数第一次分裂前期中彼此联会(配对)，并且能够形成四分体，然后分裂到不同的生殖细胞的一对染色体，一个来自母方，另一个来自父方。 姐妹染色单体：姐妹染色单体是由一个着丝点连着的并行的两条染色单体，是在细胞分裂的间期由同一条染色体经复制后形成的。 等位位点：个体或群体同源染色体上相同的位置。 四分体 每个四分体都有2条染色体，2对姐妹染色单体，4个DNA分子。 由于四分体时期同源染色体之间经常互相缠绕，再分开时不一定能维持染色体原来的形态和组成，有可能发生同源非姐妹染色体之间的交叉互换，这是染色单体上，也是不久之后染色体上基因重组的原因。 SNP的含义 同一个体或不同个体基因组中等位位点上的单核苷酸碱基不同。 对于二倍体生物，等位位点上的SNP有杂合、纯合之分！ SNP与DNA突变： 都起源于DNA复制差错。 SNP具有相对稳定性，一般来说在群体中出现频率大于1%；而突变不具有稳定性，在群体中存在的频率小于1%。 编码区的SNP 与疾病或药物反应个体差异关系密切，是制药企业的金矿 四种后果： 同义Synonymous ： AAA (Lys)??AAG (Lys)(silent mutation) 无义non-sense ：TGG (Trp) ?? TGA (Stop) 错义mis-sense ：AGU (Ser) ?? ATU (Ile)。一些单基因遗传病的病因。sickle cell anemia, hemoglobin 146 residue (GAG(Glu)? GTG(Val) 改变基因的表达 SNP的演化过程 如何检测SNP或突变 酶法：根据酶对DNA序列的识别特异性 限制性内切酶: RFLP DNA 连接酶 DNA聚合酶在合成时的校正功能：TaqMan? 构象分离法：电泳检测DNA的构象变化 单链构象多态性（SSCP） 异源双链电泳迁移率变化 dHPLC DNA杂交法：碱基变化对DNA互补配对杂交动力学的影响 DASH, DNA chip, ASO斑点杂交等 直接测序法 焦磷酸测序（Pyrosequencing） 单碱基延伸标签测序：(Single Base Extension